version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G01490

Summary of Gene (AT1G01490)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G01490  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G01490  
Description heavy-metal-associated domain-containing protein; FUNCTIONS IN: metal ion binding; INVOLVED IN: metal ion transport; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Heavy metal transport/detoxification protein (InterPro:IPR006121); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: heavy-metal-associated domain-containing protein (TAIR:AT5G23760.1); Has 7628 Blast hits to 3670 proteins in 294 species: Archae - 47; Bacteria - 686; Metazoa - 2844; Fungi - 342; Plants - 780; Viruses - 96; Other Eukaryotes - 2833 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 186166-184967)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT1G01490                        5'->3' (-)
Promoter sequence

 
AT1G01500.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence



 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G01490

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG4-182212-146

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneCclone-182367-301
TSS cloneTclone-182357-291
TSS cloneTclone-182348-282
TSS cloneGclone-182327-261
TSS cloneGclone-182325-259
TSS cloneTclone-182302-236
TSS cloneAclone-182241-175
TSS cloneAclone-182089-23

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTTCTTCTTCTTCTT-182173182186-107-120
Y PatchTCTCTCTT-182216182223-150-157
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTCACGCGC-182418182425-352-359
 AtREG395TCACGCGC PPDB MotifACGCGC  PLACE Motif 
REGCACGCGCC-182431182438-365-372
 AtREG486CACGCGCC PPDB MotifACGCGC  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA2+185108AT1G01500.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone+185137AT1G01500.1
TSS cloneTclone+185154AT1G01500.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTCACACGTGCG+184967184977AT1G01500.1
 AtREG588TCACACGT   ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
 AtREG460 CACACGTG  ABA, DREB1Aox PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG 
 AtREG541   CACGTGCG PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG 
REGAGGGTATTT+184994185002AT1G01500.1
 AtREG567AGGGTATT  PPDB MotifACCCT  PLACE Motif 
 AtREG602 GGGTATTT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTTTGACCC+185024185031AT1G01500.1
 AtREG592TTTGACCC PPDB Motif  PLACE MotifTTGAC, TTGACC 
REGCGTAATTA+185035185042AT1G01500.1
 AtREG646CGTAATTAABA PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.