version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G01510.1

Summary of Gene (AT1G01510.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G01510  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G01510.1  
Description Encodes a homolog of human CtBP. Mutant has longer and thicker leaves than wild type. Involved in controlling polar cell expansion in the leaf width direction.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 184685-185884)

Genome position     
from initiation codon
AT1G01500.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT1G01510.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence






 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G01510.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA8+187217-18

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone+187183-52
TSS cloneGclone+187211-24
TSS cloneAclone+187212-23
TSS cloneGclone+187232-3

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGACGGCGTCGTTTA+187005187017-230-218
 AtREG540ACGGCGTC      PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG537  GGCGTCGT    PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG439   GCGTCGTT   PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG415    CGTCGTTT  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG565     GTCGTTTA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGGATGACGT+187034187041-201-194
 AtREG578GATGACGTABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
REGTTTTGGGCCCT+187101187111-134-124
 AtREG529TTTTGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG373 TTTGGGCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG392  TTGGGCCC  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG400   TGGGCCCT PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA2+185108AT1G01500.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone+185137AT1G01500.1
TSS cloneTclone+185154AT1G01500.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTAAGCCCATTTAACGG+184883184898AT1G01500.1
 AtREG426TAAGCCCA         PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378 AAGCCCAT        PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG372  AGCCCATT       PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG386   GCCCATTT      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG443    CCCATTTA     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG610        TTTAACGG PPDB Motif  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
REGATGGCCCAGT+184913184922AT1G01500.1
 AtREG437ATGGCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG458 TGGCCCAG  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG384  GGCCCAGT PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
REGAAAAAGCC+184948184955AT1G01500.1
 AtREG589AAAAAGCC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTCACACGTGCG+184967184977AT1G01500.1
 AtREG588TCACACGT   ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
 AtREG460 CACACGTG  ABA, DREB1Aox PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG 
 AtREG541   CACGTGCG PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG 
REGAGGGTATTT+184994185002AT1G01500.1
 AtREG567AGGGTATT  PPDB MotifACCCT  PLACE Motif 
 AtREG602 GGGTATTT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTTTGACCC+185024185031AT1G01500.1
 AtREG592TTTGACCC PPDB Motif  PLACE MotifTTGAC, TTGACC 
REGCGTAATTA+185035185042AT1G01500.1
 AtREG646CGTAATTAABA PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.