version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G03150.1

Summary of Gene (AT1G03150.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G03150  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G03150.1  
Description GCN5-related N-acetyltransferase (GNAT) family protein; FUNCTIONS IN: N-acetyltransferase activity; INVOLVED IN: metabolic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: GCN5-related N-acetyltransferase (InterPro:IPR000182), Acyl-CoA N-acyltransferase (InterPro:IPR016181); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GCN5-related N-acetyltransferase, putative (TAIR:AT5G13780.1); Has 1587 Blast hits to 1587 proteins in 440 species: Archae - 135; Bacteria - 362; Metazoa - 485; Fungi - 260; Plants - 84; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 261 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 755461-756660)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT1G03150.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence











 
AT1G03140.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence











 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G03150.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA5+756418-43

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone+756414-47
TSS cloneTclone+756426-35
TSS cloneGclone+756427-34

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTCCTCTTTCT+756400756411-61-50
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGACGTCATC+756320756327-141-134
 AtREG578ACGTCATCABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
REGTATAGGCCCAAAT+756333756345-128-116
 AtREG487TATAGGCC      PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG362 ATAGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG358  TAGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356   AGGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG373    GGCCCAAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG421     GCCCAAAT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTAAATGGGCTTTAT+756347756360-114-101
 AtREG443TAAATGGG       PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG386 AAATGGGC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG372  AATGGGCT     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378   ATGGGCTT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG376    TGGGCTTT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG365     GGGCTTTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG601      GGCTTTAT PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA13-756265AT1G03140.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone-756285AT1G03140.1
TSS cloneTclone-756282AT1G03140.1
TSS cloneTclone-756271AT1G03140.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGGATGACGT-756320756327AT1G03140.1
 AtREG578GATGACGTABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
REGATTTGGGCCTATA-756333756345AT1G03140.1
 AtREG421ATTTGGGC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG373 TTTGGGCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356  TTGGGCCT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG358   TGGGCCTA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG362    GGGCCTAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG487     GGCCTATA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGATAAAGCCCATTTA-756347756360AT1G03140.1
 AtREG601ATAAAGCC       PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG365 TAAAGCCC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG376  AAAGCCCA     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378   AAGCCCAT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG372    AGCCCATT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG386     GCCCATTT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG443      CCCATTTA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGATGGCCCAGT-756371756380AT1G03140.1
 AtREG437ATGGCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG458 TGGCCCAG  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG384  GGCCCAGT PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.