version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G03687.2

Summary of Gene (AT1G03687.2)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G03687  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G03687.2  
Description FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DTW (InterPro:IPR005636); Has 347 Blast hits to 347 proteins in 176 species: Archae - 0; Bacteria - 320; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 10; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 17 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 917308-918507)

Genome position     
from initiation codon
AT1G03687.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT1G03687.2                      5'->3' (+)
Promoter sequence







 
AT1G03680.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence







 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G03687.2

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA2+918294-14

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCTATTGGGCCG+918110918120-198-188
 AtREG624CTATTGGG    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG355 TATTGGGC   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG352  ATTGGGCC  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG414   TTGGGCCG PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
REGTTAAAGCCCATTAA+918129918142-179-166
 AtREG545TTAAAGCC       PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG365 TAAAGCCC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG376  AAAGCCCA     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378   AAGCCCAT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG372    AGCCCATT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG357     GCCCATTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG396      CCCATTAA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTTAATGG 
REGACTGGGCCTTAG+918217918228-91-80
 AtREG384ACTGGGCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG410 CTGGGCCT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG353  TGGGCCTT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG351   GGGCCTTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG577    GGCCTTAG PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTTAAAGCCCAATAG+918234918247-74-61
 AtREG545TTAAAGCC       PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG365 TAAAGCCC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG376  AAAGCCCA     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407   AAGCCCAA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG402    AGCCCAAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG355     GCCCAATA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG624      CCCAATAG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG17-917938AT1G03680.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone-918064AT1G03680.1
TSS cloneCclone-918017AT1G03680.1
TSS cloneAclone-918008AT1G03680.1
TSS cloneGclone-917982AT1G03680.1
TSS cloneGclone-917920AT1G03680.1
TSS cloneAclone-917919AT1G03680.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTTCTCTCT-917889917897AT1G03680.1
Y PatchTCTTCTTC-917959917966AT1G03680.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGCGGCCCAATAG-918110918120AT1G03680.1
 AtREG414CGGCCCAA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG352 GGCCCAAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG355  GCCCAATA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG624   CCCAATAG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTTAATGGGCTTTAA-918129918142AT1G03680.1
 AtREG396TTAATGGG       PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTTAATGG 
 AtREG357 TAATGGGC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG372  AATGGGCT     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378   ATGGGCTT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG376    TGGGCTTT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG365     GGGCTTTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG545      GGCTTTAA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCTAAGGCCCAGT-918217918228AT1G03680.1
 AtREG577CTAAGGCC     PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG351 TAAGGCCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG353  AAGGCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG410   AGGCCCAG  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG384    GGCCCAGT PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.