version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G09420.1

Summary of Gene (AT1G09420.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G09420  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G09420.1  
Description Encodes a protein similar to glucose-6-phosphate dehydrogenase but, based on amino acid differences in the active site and lack of activity, does not encode a functional G6PDH. The amino acid sequence for the consensus sequence of the G6PDH active site (DHYLGKE) differs in three places in this protein. gc exon splice site at 20574 is based on protein alignment, and is not confirmed experimentally.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 3042715-3041516)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT1G09420.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence







 
AT1G09430.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence







 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G09420.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone-3041819-104
TSS clone peakAclone-3041804-89
TSS cloneTclone-3041745-30

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCGTCTTCC-30417863041793-71-78
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGAACCCGAC-30418543041861-139-146
 AtREG580AACCCGAC PPDB MotifCCGAC  PLACE MotifCCGAC 
REGCGGTTCGGTTTAG-30418653041877-150-162
 AtREG456CGGTTCGG      PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG451 GGTTCGGT     PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG556  GTTCGGTT    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG568   TTCGGTTT   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG514    TCGGTTTA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG511     CGGTTTAG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGAAAGTCAA-30419373041944-222-229
 AtREG632AAAGTCAA PPDB Motif  PLACE MotifTTGAC 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG5+3042046AT1G09430.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone+3041996AT1G09430.1
TSS cloneCclone+3042043AT1G09430.1
TSS cloneTclone+3042044AT1G09430.1
TSS cloneAclone+3042048AT1G09430.1
TSS cloneAclone+3042049AT1G09430.1
TSS cloneTclone+3042054AT1G09430.1
TSS cloneAclone+3042069AT1G09430.1
TSS cloneGclone+3042070AT1G09430.1
TSS cloneCclone+3042091AT1G09430.1
TSS cloneTclone+3042098AT1G09430.1
TSS cloneAclone+3042104AT1G09430.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTTCTTCTC+30420133042022AT1G09430.1
Y PatchTTTCTTCTC+30420603042068AT1G09430.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGGTCGGGTT+30418543041861AT1G09430.1
 AtREG580GTCGGGTT PPDB MotifCCGAC  PLACE MotifCCGAC 
REGCTAAACCGAACCG+30418653041877AT1G09430.1
 AtREG511CTAAACCG      PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG514 TAAACCGA     PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG568  AAACCGAA    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG556   AACCGAAC   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG451    ACCGAACC  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG456     CCGAACCG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTTGACTTT+30419373041944AT1G09430.1
 AtREG632TTGACTTT PPDB Motif  PLACE MotifTTGAC 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.