version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G12840.1

Summary of Gene (AT1G12840.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G12840  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G12840.1  
Description Encodes subunit C of the vacuolar H(+)-ATPase (V-ATPase). Bound and phosphorylated by AtWNK8.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 4374584-4375783)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT1G12840.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence









 
AT1G12830.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence









 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G12840.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA46+4375515-69

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneGclone+4375516-68
TSS cloneGclone+4375517-67
TSS cloneCclone+4375518-66
TSS cloneAclone+4375519-65
TSS cloneGclone+4375572-12

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxGTATATAAT+43754834375491-101-93
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTTGGCCCAGTATTAGCCCATTTA+43752284375250-356-334
 AtREG484TTGGCCCA                PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG458 TGGCCCAG               PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG384  GGCCCAGT              PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG434   GCCCAGTA             PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG571           TTAGCCCA     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG581            TAGCCCAT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG372             AGCCCATT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG386              GCCCATTT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG443               CCCATTTA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGAAAACCGGAC+43753334375342-251-242
 AtREG542AAAACCGG   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG521 AAACCGGA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG573  AACCGGAC PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGGTGGCAAT+43753694375376-215-208
 AtREG654GTGGCAAT PPDB Motif  PLACE MotifGCCAC 
REGTTAAACCGG+43754334375441-151-143
 AtREG473TTAAACCG  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG412 TAAACCGG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGACCGGTTTG+43754594375467-125-117
 AtREG436ACCGGTTT  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG496 CCGGTTTG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS clone peakTclone-4375169AT1G12830.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTAAATGGGCTAATACTGGGCCAA-43752284375250AT1G12830.1
 AtREG443TAAATGGG                PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG386 AAATGGGC               PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG372  AATGGGCT              PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG581   ATGGGCTA             PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG571    TGGGCTAA            PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG434            TACTGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG384             ACTGGGCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG458              CTGGGCCA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG484               TGGGCCAA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
REGGTCCGGTTTT-43753334375342AT1G12830.1
 AtREG573GTCCGGTT   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG521 TCCGGTTT  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG542  CCGGTTTT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGATTGCCAC-43753694375376AT1G12830.1
 AtREG654ATTGCCAC PPDB Motif  PLACE MotifGCCAC 
REGCCGGTTTAA-43754334375441AT1G12830.1
 AtREG412CCGGTTTA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG473 CGGTTTAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGCAAACCGGT-43754594375467AT1G12830.1
 AtREG496CAAACCGG  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG436 AAACCGGT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.