PlantPromoterDB promoter information of AT1G13370

Summary of Gene (AT1G13370)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G13370 TAIR NCBI
Gene model	AT1G13370
Description	histone H3, putative; FUNCTIONS IN: DNA binding; INVOLVED IN: nucleosome assembly; LOCATED IN: nucleus, chloroplast, nucleosome; EXPRESSED IN: flower, inflorescence, root, leaf; EXPRESSED DURING: seedling growth; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Histone H3 (InterPro:IPR000164), Histone-fold (InterPro:IPR009072), Histone core (InterPro:IPR007125); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: histone H3 (TAIR:AT5G10980.1); Has 10206 Blast hits to 10203 proteins in 5279 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 7337; Fungi - 1299; Plants - 998; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 572 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 4591272-4590073)

`Genome position from initiation codon` `AT1G13380.1 TSS from cDNA TSS information AT1G13370 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G13370

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 2 - 4589433 -911

TSS peak A 2 - 4588613 -91

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	2	-	4589433	-911
TSS peak	`A`	2	-	4588613	-91

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CACTATAAAAT - 4588639 4588649 -117 -127

Y Patch TTTCTCTCT - 4588571 4588579 -49 -57

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CACTATAAAAT`	-	4588639	4588649	-117	-127
Y Patch	`TTTCTCTCT`	-	4588571	4588579	-49	-57
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GCCTTTAA - 4588707 4588714 -185 -192

AtREG639 GCCTTTAA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG CCAATAAG - 4588781 4588788 -259 -266

AtREG611 CCAATAAG PPDB Motif PLACE Motif

REG ATAAAGCC - 4588885 4588892 -363 -370

AtREG601 ATAAAGCC PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GCCTTTAA`		-	4588707	4588714	-185	-192
	AtREG639	`GCCTTTAA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`CCAATAAG`		-	4588781	4588788	-259	-266
	AtREG611	`CCAATAAG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ATAAAGCC`		-	4588885	4588892	-363	-370
	AtREG601	`ATAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak C clone - 4590410 AT1G13380.1

TSS clone peak T clone - 4590399 AT1G13380.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`C`	clone	-	4590410	AT1G13380.1
TSS clone peak	`T`	clone	-	4590399	AT1G13380.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTTTC - 4590373 4590380 AT1G13380.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTTTC`	-	4590373	4590380	AT1G13380.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AACGACAC - 4590468 4590475 AT1G13380.1

AtREG527 AACGACAC DREB1Aox PPDB Motif PLACE Motif

REG CACGCGCT - 4590499 4590506 AT1G13380.1

AtREG381 CACGCGCT PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

REG ACGTGACA - 4590509 4590516 AT1G13380.1

AtREG606 ACGTGACA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG CCGCGTGAA - 4590541 4590549 AT1G13380.1

AtREG502 CCGCGTGA Drought PPDB Motif PLACE Motif

AtREG631 CGCGTGAA Drought PPDB Motif PLACE Motif

REG CACGCGCC - 4590557 4590564 AT1G13380.1

AtREG486 CACGCGCC PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

REG GGCCTTTA - 4590625 4590632 AT1G13380.1

AtREG467 GGCCTTTA PPDB Motif PLACE Motif

REG TTAGCCCATCAAGCCCATAT - 4590644 4590663 AT1G13380.1

AtREG571 TTAGCCCA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG581 TAGCCCAT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG635    GCCCATCA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG525          CAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378           AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG477            AGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG432             GCCCATAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATTTGGGCTC - 4590665 4590674 AT1G13380.1

AtREG421 ATTTGGGC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG469 TTTGGGCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG533   TTGGGCTC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY