PlantPromoterDB promoter information of AT1G13380.1

Summary of Gene (AT1G13380.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G13380 TAIR NCBI
Gene model	AT1G13380.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF1218 (InterPro:IPR009606); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT4G27435.1); Has 150 Blast hits to 150 proteins in 12 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 150; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 4591362-4590163)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G13380.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G13380.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak C clone - 4590410 -48

TSS clone peak T clone - 4590399 -37

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`C`	clone	-	4590410	-48
TSS clone peak	`T`	clone	-	4590399	-37

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTTTC - 4590373 4590380 -11 -18

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTTTC`	-	4590373	4590380	-11	-18
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AACGACAC - 4590468 4590475 -106 -113

AtREG527 AACGACAC DREB1Aox PPDB Motif PLACE Motif

REG CACGCGCT - 4590499 4590506 -137 -144

AtREG381 CACGCGCT PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

REG ACGTGACA - 4590509 4590516 -147 -154

AtREG606 ACGTGACA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG CCGCGTGAA - 4590541 4590549 -179 -187

AtREG502 CCGCGTGA Drought PPDB Motif PLACE Motif

AtREG631 CGCGTGAA Drought PPDB Motif PLACE Motif

REG CACGCGCC - 4590557 4590564 -195 -202

AtREG486 CACGCGCC PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

REG GGCCTTTA - 4590625 4590632 -263 -270

AtREG467 GGCCTTTA PPDB Motif PLACE Motif

REG TTAGCCCATCAAGCCCATAT - 4590644 4590663 -282 -301

AtREG571 TTAGCCCA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG581 TAGCCCAT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG635    GCCCATCA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG525          CAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378           AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG477            AGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG432             GCCCATAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATTTGGGCTC - 4590665 4590674 -303 -312

AtREG421 ATTTGGGC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG469 TTTGGGCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG533   TTGGGCTC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AACGACAC`		-	4590468	4590475	-106	-113
	AtREG527	`AACGACAC`	DREB1Aox	PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CACGCGCT`		-	4590499	4590506	-137	-144
	AtREG381	`CACGCGCT`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
REG	`ACGTGACA`		-	4590509	4590516	-147	-154
	AtREG606	`ACGTGACA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
REG	`CCGCGTGAA`		-	4590541	4590549	-179	-187
	AtREG502	`CCGCGTGA`	Drought	PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG631	`CGCGTGAA`	Drought	PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CACGCGCC`		-	4590557	4590564	-195	-202
	AtREG486	`CACGCGCC`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
REG	`GGCCTTTA`		-	4590625	4590632	-263	-270
	AtREG467	`GGCCTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TTAGCCCATCAAGCCCATAT`		-	4590644	4590663	-282	-301
	AtREG571	`TTAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG581	`TAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG635	`GCCCATCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG525	`CAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG477	`AGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG432	`GCCCATAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATTTGGGCTC`		-	4590665	4590674	-303	-312
	AtREG421	`ATTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG469	`TTTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG533	`TTGGGCTC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None