version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G17665

Summary of Gene (AT1G17665)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G17665  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G17665  
Description unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 15 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; Has 103 Blast hits to 100 proteins in 29 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 18; Fungi - 4; Plants - 19; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 62 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 6076484-6075285)

Genome position     
from initiation codon
AT1G17660.1         
AT1G17670           
AT1G17670.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT1G17665                        5'->3' (-)
Promoter sequence

 
AT1G17660           
AT1G17660.1         
AT1G17680.1         
AT1G17680.2         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence





 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G17665

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakGclone-6074488-4

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA4+6076077AT1G17680.1, AT1G17680.2

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone+6076078AT1G17680.1, AT1G17680.2
TSS cloneTclone+6076131AT1G17680.1, AT1G17680.2

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxTTATATATATCT+60760436076054AT1G17680.1, AT1G17680.2
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTCACGCGG+60758546075861AT1G17680.1, AT1G17680.2
 AtREG502TCACGCGGDrought PPDB Motif  PLACE Motif 
REGGACCCGGG+60758646075871AT1G17680.1, AT1G17680.2
 AtREG593GACCCGGG PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
REGCGAACCGGA+60759616075969AT1G17680.1, AT1G17680.2
 AtREG423CGAACCGG  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG579 GAACCGGA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGCTGACGTG+60759886075995AT1G17680.1, AT1G17680.2
 AtREG440CTGACGTGABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.