PlantPromoterDB promoter information of AT1G17665

Summary of Gene (AT1G17665)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G17665 TAIR NCBI
Gene model	AT1G17665
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 15 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; Has 103 Blast hits to 100 proteins in 29 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 18; Fungi - 4; Plants - 19; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 62 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 6076634-6075435)

`Genome position from initiation codon` AT1G17660.1 AT1G17670 AT1G17670.1 TSS from cDNA TSS information AT1G17665 5'->3' (-) Promoter sequence AT1G17660 AT1G17660.1 AT1G17680.1 AT1G17680.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G17665

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone - 6074488 -4

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	-	6074488	-4

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 4 + 6076077 AT1G17680.1, AT1G17680.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	4	+	6076077	AT1G17680.1, AT1G17680.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone + 6076078 AT1G17680.1, AT1G17680.2

TSS clone T clone + 6076131 AT1G17680.1, AT1G17680.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	+	6076078	AT1G17680.1, AT1G17680.2
TSS clone	`T`	clone	+	6076131	AT1G17680.1, AT1G17680.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TTATATATATCT + 6076043 6076054 AT1G17680.1, AT1G17680.2

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TTATATATATCT`	+	6076043	6076054	AT1G17680.1, AT1G17680.2
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TCACGCGG + 6075854 6075861 AT1G17680.1, AT1G17680.2

AtREG502 TCACGCGG Drought PPDB Motif PLACE Motif

REG GACCCGGG + 6075864 6075871 AT1G17680.1, AT1G17680.2

AtREG593 GACCCGGG PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

REG CGAACCGGA + 6075961 6075969 AT1G17680.1, AT1G17680.2

AtREG423 CGAACCGG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG579 GAACCGGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CTGACGTG + 6075988 6075995 AT1G17680.1, AT1G17680.2

AtREG440 CTGACGTG ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG