PlantPromoterDB promoter information of AT1G18060

Summary of Gene (AT1G18060)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G18060 TAIR NCBI
Gene model	AT1G18060
Description	unknown protein; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; Has 38 Blast hits to 38 proteins in 16 species: Archae - 0; Bacteria - 16; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 21; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 6219114-6217915)

`Genome position from initiation codon` `AT1G18070.1 AT1G18070.2 TSS from cDNA TSS information AT1G18060 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G18060

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 - 6213350 -36

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	-	6213350	-36

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 6213355 -41

TSS clone A clone - 6213352 -38

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	6213355	-41
TSS clone	`A`	clone	-	6213352	-38

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GAAACGACGA - 6213416 6213425 -102 -111

AtREG576 GAAACGAC PPDB Motif PLACE Motif

AtREG415 AAACGACG PPDB Motif PLACE Motif

AtREG648 AACGACGA PPDB Motif PLACE Motif

REG AAACCGAA - 6213604 6213611 -290 -297

AtREG568 AAACCGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GAAACGACGA`		-	6213416	6213425	-102	-111
	AtREG576	`GAAACGAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG415	`AAACGACG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG648	`AACGACGA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AAACCGAA`		-	6213604	6213611	-290	-297
	AtREG568	`AAACCGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 4 - 6218308 AT1G18070.1, AT1G18070.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	4	-	6218308	AT1G18070.1, AT1G18070.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone - 6218319 AT1G18070.1, AT1G18070.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	-	6218319	AT1G18070.1, AT1G18070.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTCTTCTTCTTCTT - 6218264 6218278 AT1G18070.1, AT1G18070.2

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTCTTCTTCTTCTT`	-	6218264	6218278	AT1G18070.1, AT1G18070.2
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TGACACGTGA - 6218403 6218412 AT1G18070.1, AT1G18070.2

AtREG389 TGACACGT   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG366 GACACGTG ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC

AtREG628   ACACGTGA DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

REG GACGTCGT - 6218427 6218434 AT1G18070.1, AT1G18070.2

AtREG431 GACGTCGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG GGCCTTAT - 6218446 6218453 AT1G18070.1, AT1G18070.2

AtREG425 GGCCTTAT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CTAAGGCCCATTAGTTGGGCTTT - 6218460 6218482 AT1G18070.1, AT1G18070.2

AtREG577 CTAAGGCC                PPDB Motif PLACE Motif

AtREG351 TAAGGCCC               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353   AAGGCCCA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    AGGCCCAT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361     GGCCCATT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG357      GCCCATTA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG558       CCCATTAG          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG607             AGTTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG574              GTTGGGCT   PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif TGGGCY

AtREG407               TTGGGCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376                TGGGCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG ATATGGGCCTT - 6218506 6218516 AT1G18070.1, AT1G18070.2

AtREG432 ATATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG364 TATGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   ATGGGCCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353    TGGGCCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY