PlantPromoterDB promoter information of AT1G21750

Summary of Gene (AT1G21750)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G21750 TAIR NCBI
Gene model	AT1G21750
Description	Encodes a protein disulfide isomerase-like (PDIL) protein, a member of a multigene family within the thioredoxin (TRX) superfamily; isoform contains non-consensus GA donor splice site at intron 9. Transcript levels for this gene are up-regulated in response to three different chemical inducers of ER stress (dithiothreitol, beta-mercaptoethanol, and tunicamycin). Neither AtIRE1-2 nor AtbZIP60 appear to be required for this response.

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 7648817-7650016)

`Genome position from initiation codon` `AT1G21750.1 AT1G21760.1 TSS from cDNA TSS information AT1G21750 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G21750

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 + 7645466 -301

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	+	7645466	-301

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 7645700 -67

TSS clone C clone + 7645719 -48

TSS clone C clone + 7645723 -44

TSS clone A clone + 7645724 -43

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	7645700	-67
TSS clone	`C`	clone	+	7645719	-48
TSS clone	`C`	clone	+	7645723	-44
TSS clone	`A`	clone	+	7645724	-43

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCTCTTCTT + 7645475 7645484 -292 -283

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCTCTTCTT`	+	7645475	7645484	-292	-283
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAGCCACGTCAT + 7645402 7645413 -365 -354

AtREG608 AAGCCACG     ABA PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

AtREG450 AGCCACGT    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG388   GCCACGTC   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG419    CCACGTCA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA

AtREG483     CACGTCAT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAGCCACGTCAT`		+	7645402	7645413	-365	-354
	AtREG608	`AAGCCACG`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
	AtREG450	`AGCCACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG388	`GCCACGTC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG419	`CCACGTCA`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA`
	AtREG483	`CACGTCAT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 10 + 7649262 AT1G21760.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	10	+	7649262	AT1G21760.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 7649225 AT1G21760.1

TSS clone T clone + 7649227 AT1G21760.1

TSS clone C clone + 7649257 AT1G21760.1

TSS clone G clone + 7649274 AT1G21760.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	7649225	AT1G21760.1
TSS clone	`T`	clone	+	7649227	AT1G21760.1
TSS clone	`C`	clone	+	7649257	AT1G21760.1
TSS clone	`G`	clone	+	7649274	AT1G21760.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCTTCTT + 7649239 7649248 AT1G21760.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCTTCTT`	+	7649239	7649248	AT1G21760.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None