version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G22270.1

Summary of Gene (AT1G22270.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G22270  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G22270.1  
Description unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF343 (InterPro:IPR005651); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT1G78190.1); Has 289 Blast hits to 289 proteins in 134 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 119; Fungi - 81; Plants - 34; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 55 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 7864548-7865747)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT1G22270.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence





 
AT1G22260.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G22270.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA5+7865546-2

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneGclone+7865482-66
TSS cloneGclone+7865493-55
TSS cloneTclone+7865494-54
TSS cloneCclone+7865510-38

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTTTCTTCTTC+78654987865508-50-40
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTATACCGG+78653007865307-248-241
 AtREG629TATACCGG PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTTCACGCGCT+78653517865360-197-188
 AtREG631TTCACGCG  Drought PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG395 TCACGCGC  PPDB MotifACGCGC  PLACE Motif 
 AtREG381  CACGCGCT PPDB MotifACGCGC  PLACE Motif 
REGGTCACGTGGCAC+78654077865418-141-130
 AtREG583GTCACGTG     PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG 
 AtREG367  CACGTGGC  ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC 
 AtREG379   ACGTGGCA ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC 
 AtREG444    CGTGGCAC PPDB Motif  PLACE MotifGCCAC 
REGTAAACGGC+78654217865428-127-120
 AtREG613TAAACGGC PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.