version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G22850

Summary of Gene (AT1G22850)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G22850  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G22850  
Description INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SNARE associated Golgi protein (InterPro:IPR015414); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT1G03260.1); Has 3098 Blast hits to 3098 proteins in 664 species: Archae - 6; Bacteria - 1614; Metazoa - 182; Fungi - 59; Plants - 145; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1092 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 8083816-8082617)

Genome position     
from initiation codon
AT1G22850.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT1G22850                        5'->3' (-)
Promoter sequence





 
AT1G22860.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence



 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G22850

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA2-8082895-79

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneCclone-8082966-150
TSS cloneAclone-8082886-70
TSS cloneGclone-8082882-66
TSS cloneAclone-8082833-17

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGAAGCCCAT-80829388082946-122-130
 AtREG476GAAGCCCA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378 AAGCCCAT PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGAGACACGTGGCG-80829608082971-144-155
 AtREG470AGACACGT    ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC 
 AtREG366 GACACGTG   ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC 
 AtREG382  ACACGTGG  ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG 
 AtREG367   CACGTGGC ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC 
 AtREG371    ACGTGGCGABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC 
REGAAGCCCTA-80831518083158-335-342
 AtREG651AAGCCCTA PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG4+8083281AT1G22860.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTAGGGCTT+80831518083158AT1G22860.1
 AtREG651TAGGGCTT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTAAACGACAGCGTTT+80832228083236AT1G22860.1
 AtREG565TAAACGAC        PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG569 AAACGACA       PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG626       CAGCGTTT PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.