version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G29070.1

Summary of Gene (AT1G29070.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G29070  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G29070.1  
Description ribosomal protein L34 family protein; FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation, ribosome biogenesis; LOCATED IN: ribosome, intracellular, chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L34 (InterPro:IPR000271); Has 389 Blast hits to 389 proteins in 164 species: Archae - 0; Bacteria - 342; Metazoa - 0; Fungi - 9; Plants - 23; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 15 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 10146934-10148133)

Genome position     
from initiation codon
AT1G29060.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT1G29070.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence










 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G29070.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG23+10149864-20

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneCclone+10149853-31
TSS cloneGclone+10149855-29
TSS cloneGclone+10149856-28
TSS cloneAclone+10149868-16

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGGCCTTAA+1014967010149677-214-207
 AtREG416GGCCTTAA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTATTGGGCTTTTA+1014970910149721-175-163
 AtREG355TATTGGGC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG402 ATTGGGCT     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407  TTGGGCTT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG376   TGGGCTTT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG409    GGGCTTTT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG549     GGCTTTTA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTTATGGGCTGA+1014972710149737-157-147
 AtREG394TTATGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG477 TATGGGCT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG609   TGGGCTGA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS clone peakGclone+10147693AT1G29060.1
TSS clone peakTclone+10147694AT1G29060.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTAATTGGG+1014740110147408AT1G29060.1
 AtREG600TAATTGGG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGATCGGCCCGTTAAAAAAGCCCATAA+1014751710147541AT1G29060.1
 AtREG555ATCGGCCC                  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG401   GGCCCGTT               PPDB MotifAAACG(C/G), ACGGGC, CCAACGG  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG399    GCCCGTTA              PPDB MotifACGGGC  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
 AtREG610      CCGTTAAA            PPDB Motif  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
 AtREG589            AAAAAGCC      PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG409             AAAAGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG376              AAAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378               AAGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG477                AGCCCATA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG394                 GCCCATAA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTAAAACGCC+1014763110147639AT1G29060.1
 AtREG564TAAAACGC  PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 AtREG650 AAAACGCC PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.