version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G29071.1

Summary of Gene (AT1G29071.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus   TAIR      NCBI 
Gene model AT1G29071.1  
Description predicted to encode a C/D box type of snoRNA, also known as Ath-282 (GB:AJ505633). But, the submitted sequence of 106 nucleotides is only part of the 162 nucleotide sequence predicted by Northern blotting. It is assumed that a 5' portion of the gene is missing and its 5' end has not been conclusively mapped. Sequence analysis of this snoRNA suggests that it may not function like other C/D box family members that modify rRNAs or snRNAs. Its true biological target remains unknown. The promoter of this snoRNA has hallmarks of the snRNA promoters targeted by RNA polymerase II, indicating that it might also have a TMG (2,2,7 trimethyguanosine) cap. SnoRNA105 may also play a novel role in ribosome biogenesis (Marker 2002). Northern blotting reveals that snoRNA105 expression levels are higher in seedlings than in adult plants.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 10150824-10149625)

Genome position     
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT1G29071.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence

 
AT1G29060.1         
AT1G29070.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence







 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G29071.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG23+10149864AT1G29070.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneCclone+10149853AT1G29070.1
TSS cloneGclone+10149855AT1G29070.1
TSS cloneGclone+10149856AT1G29070.1
TSS cloneAclone+10149868AT1G29070.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGGGCCTTAA+1014967010149677AT1G29070.1
 AtREG416GGCCTTAA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTATTGGGCTTTTA+1014970910149721AT1G29070.1
 AtREG355TATTGGGC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG402 ATTGGGCT     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407  TTGGGCTT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG376   TGGGCTTT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG409    GGGCTTTT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG549     GGCTTTTA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTTATGGGCTGA+1014972710149737AT1G29070.1
 AtREG394TTATGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG477 TATGGGCT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG609   TGGGCTGA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.