version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G74040.1

Summary of Gene (AT1G74040.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G74040  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G74040.1  
Description Encodes an active Arabidopsis isopropylmalate synthase IPMS2. Involved in leucine biosynthesis. Do not participate in the chain elongation of glucosinolates. Expressed constitutively throughout the plant. Loss of IPMS2 can be compensated by a second isopropylmalate synthase gene IPMS1 (At1g18500).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 27841258-27842457)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT1G74040.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence








 
AT1G74030.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence









 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G74040.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA4+27842168-90

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone+27842171-87

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTTAAACCGGTTCA+2784205327842065-205-193
 AtREG473TTAAACCG      PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG412 TAAACCGG     PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG436  AAACCGGT    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG528    ACCGGTTC  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG480     CCGGTTCA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTGGTTCGGTTCGGTTCG+2784211127842127-147-131
 AtREG655TGGTTCGG          PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG451 GGTTCGGTTCGGT    PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG556  GTTCGGTTCGGTT   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG575    TCGGTTCGGTTCG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG456     CGGTTCGG     PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA10-27841931AT1G74030.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone-27841948AT1G74030.1
TSS cloneAclone-27841931AT1G74030.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTGAACCGGTTTAA-2784205327842065AT1G74030.1
 AtREG480TGAACCGG      PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG528 GAACCGGT     PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG436   ACCGGTTT   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG412    CCGGTTTA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG473     CGGTTTAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGCCGAACCGAACCGAACCA-2784211127842128AT1G74030.1
 AtREG456CCGAACCGAACCG      PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG575 CGAACCGAACCGA     PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG556   AACCGAACCGAAC   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG451    ACCGAACCGAACC  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG655          CCGAACCA PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.