version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G78680

Summary of Gene (AT1G78680)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G78680  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G78680  
Description The Arabidopsis protein AtGGH2 is a gamma-glutamyl hydrolase acting specifically on monoglutamates. The enzyme is involved in the tetrahydrofolate metabolism and located to the vacuole.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 29589833-29591032)

Genome position     
from initiation codon
AT1G78670.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT1G78680                        5'->3' (+)
Promoter sequence







 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G78680

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA20+29593866-67

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneCclone+29593865-68
TSS cloneAclone+29593866-67
TSS cloneAclone+29593867-66

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTTCTCCTCC+2959388429593892-49-41
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGAATTGGGCCCT+2959370029593710-233-223
 AtREG418AATTGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG352 ATTGGGCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG392  TTGGGCCC  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG400   TGGGCCCT PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
REGGTCGTTTT+2959374429593751-189-182
 AtREG520GTCGTTTT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGACCACGTGTAC+2959379429593804-139-129
 AtREG544ACCACGTG   ABA, DREB1Aox PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
 AtREG382 CCACGTGT  ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG 
 AtREG453  CACGTGTA ABA, DREB1Aox PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACACNNG 
 AtREG562   ACGTGTACABA, Auxin PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA8+29591016AT1G78670.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone+29591013AT1G78670.1
TSS cloneAclone+29591015AT1G78670.1
TSS cloneTclone+29591024AT1G78670.1
TSS cloneGclone+29591026AT1G78670.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGACGACGCC+2959076629590773AT1G78670.1
 AtREG537ACGACGCC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCGGACCCG+2959079429590801AT1G78670.1
 AtREG491CGGACCCG PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTGGGCTCA+2959082329590830AT1G78670.1
 AtREG485TGGGCTCA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGCAAAGCCCAATAT+2959083329590845AT1G78670.1
 AtREG559CAAAGCCC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG376 AAAGCCCA     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407  AAGCCCAA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG402   AGCCCAAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG355    GCCCAATA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG509     CCCAATAT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGAGTGGGCTCA+2959087229590881AT1G78670.1
 AtREG510AGTGGGCT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG485  TGGGCTCA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.