version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G79230.1

Summary of Gene (AT1G79230.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G79230  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G79230.1  
Description encodes a sulfurtransferase/rhodaneses, which belongs to a group of enzymes widely distributed in all three phyla that catalyze the transfer of sulfur from a donor to a thiophilic acceptor substrate. The protein and transcript levels are NOT affected by senescence or exogenous cyanide, suggesting that sulfurtransferases are involved in cyanide detoxification.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 29799824-29801023)

Genome position     
from initiation codon
AT1G79220.1         
AT1G79230.2         
AT1G79230.3         
TSS from cDNA
TSS information
AT1G79230.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence




 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G79230.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG5+29800760-64

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneCclone+29800182-642
TSS cloneGclone+29800716-108
TSS cloneGclone+29800717-107
TSS cloneCclone+29800726-98
TSS cloneAclone+29800730-94
TSS cloneTclone+29800743-81
TSS cloneAclone+29800754-70
TSS cloneGclone+29800760-64
TSS cloneGclone+29800761-63
TSS cloneTclone+29800782-42
TSS cloneAclone+29800816-8

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTTAAACCGGAA+2980055029800560-274-264
 AtREG473TTAAACCG    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG412 TAAACCGG   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG521  AAACCGGA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG534   AACCGGAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGCAAAACGCG+2980057929800587-245-237
 AtREG585CAAAACGC  PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE MotifCAAAACGC 
 AtREG566 AAAACGCG PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
REGGACGTGTCT+2980062929800637-195-187
 AtREG481GACGTGTC ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC 
 AtREG470 ACGTGTCTABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC 
REGCGTGGCGG+2980065429800661-170-163
 AtREG560CGTGGCGGABA PPDB MotifCCGAC  PLACE MotifGCCAC 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.