PlantPromoterDB promoter information of AT1G80790.1

Summary of Gene (AT1G80790.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G80790 TAIR NCBI
Gene model	AT1G80790.1
Description	XH/XS domain-containing protein / XS zinc finger domain-containing protein; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Region of unknown function XS (InterPro:IPR005380), Region of unknown function XH (InterPro:IPR005379), Region of unknown function, putative Zinc finger, XS and XH (InterPro:IPR005381); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: XH/XS domain-containing protein / XS zinc finger domain-containing protein (TAIR:AT1G15910.1); Has 67806 Blast hits to 38036 proteins in 1354 species: Archae - 728; Bacteria - 6143; Metazoa - 32571; Fungi - 3879; Plants - 1839; Viruses - 312; Other Eukaryotes - 22334 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 30359280-30360479)

`Genome position from initiation codon` `AT1G80780.1 AT1G80780.2 TSS from cDNA TSS information AT1G80790.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G80790.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 5 + 30359681 -599

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	5	+	30359681	-599

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 30359725 -555

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	30359725	-555

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCTCTTCTTC + 30359660 30359669 -620 -611

Y Patch CTCTTCTTCTCC + 30359713 30359724 -567 -556

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCTCTTCTTC`	+	30359660	30359669	-620	-611
Y Patch	`CTCTTCTTCTCC`	+	30359713	30359724	-567	-556
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GTGGGCCTAATATAAGGCCCAC + 30359574 30359595 -706 -685

AtREG358 TGGGCCTA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG360   GGGCCTAA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG506    GGCCTAAT            PPDB Motif PLACE Motif

AtREG425            ATAAGGCC    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG351             TAAGGCCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353              AAGGCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG482 GTGGGCCT      AGGCCCAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG CAGCGTTT + 30359629 30359636 -651 -644

AtREG626 CAGCGTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GTGGGCCTAATATAAGGCCCAC`		+	30359574	30359595	-706	-685
	AtREG358	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG360	`GGGCCTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG506	`GGCCTAAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG425	`ATAAGGCC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG351	`TAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG353	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG482	`GTGGGCCT AGGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`CAGCGTTT`		+	30359629	30359636	-651	-644
	AtREG626	`CAGCGTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None