version
PlantPromoterDB promoter information of AT2G01850

Summary of Gene (AT2G01850)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 2  
Locus AT2G01850  TAIR      NCBI 
Gene model AT2G01850  
Description EXGT-A3 has homology to xyloglucan endotransglucosylases/hydrolases (XTHs). Mutants in this gene show a lesion mimic phenotype associated with leaf maturation and a reduction in the number of tertiary veins. Individual tracheary elements in the mutants are shorter, but phloem transport activity is not severely affected. EXGT-A3 plays a role in xyloglucan degradation in the differentiating tracheary elements of rosette leaves.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 2: 387224-388423)

Genome position     
from initiation codon
AT2G01850.1         
AT2G01860.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT2G01850                        5'->3' (+)
Promoter sequence

















 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G01850

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA69+385223-151

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone+385223-151
TSS cloneTclone+385224-150

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxAATATAAAC+385190385198-184-176
Y PatchCTCTCTCTTCTTC+385230385242-144-132
Y PatchTCTCCTTCTTCTCTTCT+385255385271-119-103
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCCCAATTA+385101385108-273-266
 AtREG600CCCAATTA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS clone peakAclone+388055AT2G01860.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTCTCT+388022388054AT2G01860.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGGTCGTTTTGA+387829387838AT2G01860.1
 AtREG520GTCGTTTT   PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG653  CGTTTTGA PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
REGTTGCCACGTA+387908387917AT2G01860.1
 AtREG452TTGCCACG   PPDB Motif  PLACE MotifGCCAC 
 AtREG379 TGCCACGT ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC 
 AtREG413  GCCACGTA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC 
REGCAATTGGGTCGGGTCA+387973387988AT2G01860.1
 AtREG647CAATTGGG         PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG442     GGGTCGGG    PPDB MotifCCGAC  PLACE MotifCCGAC 
 AtREG405      GGTCGGGT   PPDB MotifCCGAC  PLACE MotifCCGAC 
 AtREG390       GTCGGGTC  PPDB MotifCCGAC, GGGACCC  PLACE MotifCCGAC 
 AtREG617        TCGGGTCA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTTCGGGTCG+387990387998AT2G01860.1
 AtREG597TTCGGGTC  PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
 AtREG383 TCGGGTCG PPDB Motif  PLACE Motif 
REGACCGGGTCGG+388004388013AT2G01860.1
 AtREG463ACCGGGTC   PPDB MotifAACCG(G/A), GGGACCC  PLACE Motif 
 AtREG494 CCGGGTCG  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG375  CGGGTCGG PPDB MotifCCGAC  PLACE MotifCCGAC 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.