PlantPromoterDB promoter information of AT2G20130.1

Summary of Gene (AT2G20130.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G20130 TAIR NCBI
Gene model	AT2G20130.1
Description	LIKE COV 1 (LCV1); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: stem, flower, root, pollen tube, leaf; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF502 (InterPro:IPR007462); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: COV1 (CONTINUOUS VASCULAR RING) (TAIR:AT2G20120.1); Has 1965 Blast hits to 1965 proteins in 370 species: Archae - 6; Bacteria - 694; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 85; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1180 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 8693234-8692035)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT2G20130.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT2G20140.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G20130.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 2 - 8692413 -179

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	2	-	8692413	-179

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 8692406 -172

TSS clone G clone - 8692391 -157

TSS clone A clone - 8692373 -139

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	8692406	-172
TSS clone	`G`	clone	-	8692391	-157
TSS clone	`A`	clone	-	8692373	-139

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CGTCTTCTCT - 8692396 8692405 -162 -171

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CGTCTTCTCT`	-	8692396	8692405	-162	-171
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAAGTCAA - 8692498 8692505 -264 -271

AtREG632 AAAGTCAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG TTCGGTTTAA - 8692514 8692523 -280 -289

AtREG568 TTCGGTTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG514 TCGGTTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG473   CGGTTTAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TCGGTTTAA - 8692535 8692543 -301 -309

AtREG514 TCGGTTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG473 CGGTTTAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TAGTGGGCCTTAG - 8692605 8692617 -371 -383

AtREG532 TAGTGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG482   GTGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353    TGGGCCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG351     GGGCCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG577      GGCCTTAG PPDB Motif PLACE Motif

REG TTTAGGCCTTTT - 8692634 8692645 -400 -411

AtREG430 TTTAGGCC     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG459     GGCCTTTT PPDB Motif PLACE Motif

REG AGTGGGCTTAT - 8692649 8692659 -415 -425

AtREG510 AGTGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG518 GTGGGCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG426   TGGGCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG462    GGGCTTAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAAGTCAA`		-	8692498	8692505	-264	-271
	AtREG632	`AAAGTCAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`
REG	`TTCGGTTTAA`		-	8692514	8692523	-280	-289
	AtREG568	`TTCGGTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG514	`TCGGTTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG473	`CGGTTTAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TCGGTTTAA`		-	8692535	8692543	-301	-309
	AtREG514	`TCGGTTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG473	`CGGTTTAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TAGTGGGCCTTAG`		-	8692605	8692617	-371	-383
	AtREG532	`TAGTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG482	`GTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG351	`GGGCCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG577	`GGCCTTAG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TTTAGGCCTTTT`		-	8692634	8692645	-400	-411
	AtREG430	`TTTAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG459	`GGCCTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AGTGGGCTTAT`		-	8692649	8692659	-415	-425
	AtREG510	`AGTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG518	`GTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG426	`TGGGCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG462	`GGGCTTAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 4 + 8692710 AT2G20140.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	4	+	8692710	AT2G20140.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 8692682 AT2G20140.1

TSS clone G clone + 8692712 AT2G20140.1

TSS clone A clone + 8692720 AT2G20140.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	8692682	AT2G20140.1
TSS clone	`G`	clone	+	8692712	AT2G20140.1
TSS clone	`A`	clone	+	8692720	AT2G20140.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCCTCC + 8692667 8692674 AT2G20140.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCCTCC`	+	8692667	8692674	AT2G20140.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TTGACTTT + 8692498 8692505 AT2G20140.1

AtREG632 TTGACTTT PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG TTAAACCGAA + 8692514 8692523 AT2G20140.1

AtREG473 TTAAACCG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG514 TAAACCGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG568   AAACCGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TTAAACCGA + 8692535 8692543 AT2G20140.1

AtREG473 TTAAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG514 TAAACCGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CTAAGGCCCACTA + 8692605 8692617 AT2G20140.1

AtREG577 CTAAGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG351 TAAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353   AAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG482    AGGCCCAC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG532      GCCCACTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AAAAGGCCTAAA + 8692634 8692645 AT2G20140.1

AtREG459 AAAAGGCC     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG430     GGCCTAAA PPDB Motif PLACE Motif

REG ATAAGCCCACT + 8692649 8692659 AT2G20140.1

AtREG462 ATAAGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG426 TAAGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG518   AAGCCCAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG510    AGCCCACT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY