version
PlantPromoterDB promoter information of AT2G20760.1

Summary of Gene (AT2G20760.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 2  
Locus AT2G20760  TAIR      NCBI 
Gene model AT2G20760.1  
Description protein binding / structural molecule; FUNCTIONS IN: protein binding, structural molecule activity; INVOLVED IN: intracellular protein transport, vesicle-mediated transport; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Clathrin light chain (InterPro:IPR000996); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: protein binding / structural molecule (TAIR:AT3G51890.1); Has 1552 Blast hits to 1056 proteins in 209 species: Archae - 0; Bacteria - 461; Metazoa - 500; Fungi - 90; Plants - 101; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 400 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 2: 8946108-8944909)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT2G20760.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence





 
AT2G20770.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence





 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G20760.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG28-8945223-115

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone-8945222-114
TSS cloneGclone-8945212-104
TSS cloneTclone-8945175-67
TSS cloneAclone-8945168-60
TSS cloneAclone-8945162-54
TSS cloneTclone-8945139-31
TSS cloneTclone-8945131-23

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTCCTTCTCTT-89451908945201-82-93
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGACCGGTTCGGT-89452938945304-185-196
 AtREG552GACCGGTT     PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG528 ACCGGTTC    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG423  CCGGTTCG   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG456   CGGTTCGG  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG451    GGTTCGGT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTAAACGACA-89453178945325-209-217
 AtREG565TAAACGAC  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG569 AAACGACA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCCGTTAAA-89453608945367-252-259
 AtREG610CCGTTAAA PPDB Motif  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
REGCCGACCCG-89453848945391-276-283
 AtREG375CCGACCCG PPDB MotifCCGAC  PLACE MotifCCGAC 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG13+8945356AT2G20770.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneGclone+8945318AT2G20770.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTTTCTTCT+89453288945336AT2G20770.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGAAACGCTG+89452078945214AT2G20770.1
 AtREG626AAACGCTG PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
REGATGCCACGT+89452608945268AT2G20770.1
 AtREG448ATGCCACG ABA, DREB1Aox PPDB Motif  PLACE MotifGCCAC 
 AtREG379 TGCCACGTABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC 
REGACCGAACCGGTC+89452938945304AT2G20770.1
 AtREG451ACCGAACC     PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG456 CCGAACCG    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG423  CGAACCGG   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG528   GAACCGGT  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG552    AACCGGTC PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.