version
PlantPromoterDB promoter information of AT2G22170.1

Summary of Gene (AT2G22170.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 2  
Locus AT2G22170  TAIR      NCBI 
Gene model AT2G22170.1  
Description lipid-associated family protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: thylakoid, chloroplast, membrane; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Lipoxygenase, LH2 (InterPro:IPR001024), Lipase/lipooxygenase, PLAT/LH2 (InterPro:IPR008976); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: lipid-associated family protein (TAIR:AT4G39730.1); Has 113 Blast hits to 108 proteins in 28 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 25; Fungi - 0; Plants - 87; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 2: 9427642-9426443)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT2G22170.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence

 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G22170.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA26-9427759-17

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone-9427786-44
TSS cloneGclone-9427778-36
TSS cloneGclone-9427773-31

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTCTTCCTCTC-942771194277213121
Y PatchTCTCTCTTTCT-94277619427771-19-29
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGAAAACGACCACGTCATC-94278769427892-134-150
 AtREG520AAAACGAC          PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG419       CCACGTCA   PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA 
 AtREG483        CACGTCAT  PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
 AtREG578         ACGTCATCABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
REGTCCAACGG-94278979427904-155-162
 AtREG554TCCAACGG PPDB MotifCCAACGG  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
REGAACGACGT-94279499427956-207-214
 AtREG493AACGACGT PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.