PlantPromoterDB promoter information of AT2G25240.1

Summary of Gene (AT2G25240.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G25240 TAIR NCBI
Gene model	AT2G25240.1
Description	serine-type endopeptidase inhibitor; FUNCTIONS IN: serine-type endopeptidase inhibitor activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protease inhibitor I4, serpin, plant (InterPro:IPR015554), Protease inhibitor I4, serpin (InterPro:IPR000215); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: serpin, putative / serine protease inhibitor, putative (TAIR:AT2G26390.1); Has 4880 Blast hits to 4825 proteins in 352 species: Archae - 54; Bacteria - 217; Metazoa - 3794; Fungi - 1; Plants - 213; Viruses - 433; Other Eukaryotes - 168 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 10754134-10752935)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT2G25240.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT2G25250.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G25240.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 8 + 10753842 AT2G25250.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	8	+	10753842	AT2G25250.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone + 10753836 AT2G25250.1

TSS clone C clone + 10753843 AT2G25250.1

TSS clone T clone + 10753846 AT2G25250.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	+	10753836	AT2G25250.1
TSS clone	`C`	clone	+	10753843	AT2G25250.1
TSS clone	`T`	clone	+	10753846	AT2G25250.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TGTATAAAAA + 10753803 10753812 AT2G25250.1

Y Patch TCTCTCCTCTT + 10753813 10753823 AT2G25250.1

Y Patch CTTCTCCTTC + 10753877 10753886 AT2G25250.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TGTATAAAAA`	+	10753803	10753812	AT2G25250.1
Y Patch	`TCTCTCCTCTT`	+	10753813	10753823	AT2G25250.1
Y Patch	`CTTCTCCTTC`	+	10753877	10753886	AT2G25250.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AAGCGCGTGA + 10753701 10753710 AT2G25250.1

AtREG492 AAGCGCGT PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

AtREG381 AGCGCGTG PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

AtREG395 GCGCGTGA PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

REG AGACACGT + 10753774 10753781 AT2G25250.1

AtREG470 AGACACGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC