version
PlantPromoterDB promoter information of AT2G28900

Summary of Gene (AT2G28900)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 2  
Locus AT2G28900  TAIR      NCBI 
Gene model AT2G28900  
Description Encodes AtOEP16, a 16-KDa plastid outer membrane protein involved in plastid import of protochlorophyllide oxidoreductase A. Predominantly expressed in leaves and is also inducible by cold treatment.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 2: 12417409-12416210)

Genome position     
from initiation codon
AT2G28910.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT2G28900                        5'->3' (-)
Promoter sequence

 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G28900

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakT4-12416187-728
TSS peakA4-12415527-68

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone-12415578-119
TSS cloneCclone-12415550-91
TSS cloneAclone-12415549-90
TSS cloneAclone-12415548-89
TSS cloneGclone-12415532-73
TSS cloneCclone-12415528-69
TSS cloneGclone-12415526-67
TSS cloneAclone-12415521-62
TSS cloneAclone-12415517-58

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxCCTTTATAT-1241555312415561-94-102
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGTGGGTCC-1241561912415626-160-167
 AtREG523GTGGGTCC PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
REGCGTCATTT-1241565812415665-199-206
 AtREG657CGTCATTT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGGTGTCGTT-1241573012415737-271-278
 AtREG527GTGTCGTTDREB1Aox PPDB Motif  PLACE Motif 
REGACGTGTGA-1241622812416235-769-776
 AtREG588ACGTGTGAABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
REGGTTCGGTT-1241645712416464-998-1005
 AtREG556GTTCGGTT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA46-12417374AT2G28910.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone-12417387AT2G28910.1
TSS cloneCclone-12417385AT2G28910.1
TSS cloneTclone-12417384AT2G28910.1
TSS cloneGclone-12417379AT2G28910.1
TSS cloneCclone-12417378AT2G28910.1
TSS cloneCclone-12417375AT2G28910.1
TSS cloneGclone-12417373AT2G28910.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTTTCCT-1241738412417391AT2G28910.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.