version
PlantPromoterDB promoter information of AT2G30000.1

Summary of Gene (AT2G30000.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 2  
Locus AT2G30000  TAIR      NCBI 
Gene model AT2G30000.1  
Description LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: PHF5-like (InterPro:IPR005345); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT1G07170.2); Has 292 Blast hits to 292 proteins in 142 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 110; Fungi - 75; Plants - 47; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 60 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 2: 12805374-12804175)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT2G30000.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence











 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G30000.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA2-12804977-603

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone-12804977-603
TSS cloneTclone-12804976-602

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGGACCCAC-1280503812805045-664-671
 AtREG523GGACCCAC PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
REGTTTGGGCTTTAA-1280505712805068-683-694
 AtREG469TTTGGGCT     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407 TTGGGCTT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG376  TGGGCTTT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG365   GGGCTTTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG545    GGCTTTAA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGATAATGGGCTTTTA-1280507012805083-696-709
 AtREG546ATAATGGG       PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG357 TAATGGGC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG372  AATGGGCT     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378   ATGGGCTT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG376    TGGGCTTT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG409     GGGCTTTT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG549      GGCTTTTA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCCGGTTTGG-1280511612805124-742-750
 AtREG496CCGGTTTG  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG550 CGGTTTGG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGACCGGGTC-1280517112805178-797-804
 AtREG463ACCGGGTC PPDB MotifAACCG(G/A), GGGACCC  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.