version
PlantPromoterDB promoter information of AT2G35330

Summary of Gene (AT2G35330)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 2  
Locus AT2G35330  TAIR      NCBI 
Gene model AT2G35330  
Description protein binding / zinc ion binding; FUNCTIONS IN: protein binding, zinc ion binding; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type (InterPro:IPR013083); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: zinc finger (C3HC4-type RING finger) family protein (TAIR:AT1G32530.1); Has 68844 Blast hits to 39840 proteins in 1831 species: Archae - 547; Bacteria - 7716; Metazoa - 34278; Fungi - 4820; Plants - 2628; Viruses - 370; Other Eukaryotes - 18485 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 2: 14867979-14869178)

Genome position     
from initiation codon
AT2G35330.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT2G35330                        5'->3' (+)
Promoter sequence

 
AT2G35320.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence













 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G35330

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakTclone+14868990-189

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA4-14868817AT2G35320.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone-14868834AT2G35320.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTAAACGACGCC-1486887714868887AT2G35320.1
 AtREG565TAAACGAC    PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG415 AAACGACG   PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG439  AACGACGC  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG537   ACGACGCC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGATAATGGGCCTTTAATTGGGCCGA-1486890214868925AT2G35320.1
 AtREG546ATAATGGG                 PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG357 TAATGGGC                PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG361  AATGGGCC               PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG354   ATGGGCCT              PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG353    TGGGCCTT             PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG359     GGGCCTTT            PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG467      GGCCTTTA           PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG639       GCCTTTAA          PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 AtREG600            TAATTGGG     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG418             AATTGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG352              ATTGGGCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG414               TTGGGCCG  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG393                TGGGCCGA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.