version
PlantPromoterDB promoter information of AT2G42210.3

Summary of Gene (AT2G42210.3)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 2  
Locus AT2G42210  TAIR      NCBI 
Gene model AT2G42210.3  
Description Homologous to pea OEP16 and barley pPORA (OEP16), a member of Arabidopsis OEP16 family.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 2: 17589642-17590841)

Genome position     
from initiation codon
AT2G42210.1         
AT2G42210.2         
AT2G42210.4         
TSS from cDNA
TSS information
AT2G42210.3                      5'->3' (+)
Promoter sequence











 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G42210.3

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA10+17590212-430

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone+17590213-429
TSS cloneAclone+17590223-419
TSS cloneCclone+17590241-401
TSS cloneTclone+17590244-398
TSS cloneTclone+17590247-395
TSS cloneGclone+17590276-366

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTTTCTCT+1759016517590172-477-470
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTAAATGGGCTA+1759010017590110-542-532
 AtREG443TAAATGGG    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG386 AAATGGGC   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG372  AATGGGCT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG581   ATGGGCTA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGATAATGGGCCCTAAGAGGCCCACA+1759011217590135-530-507
 AtREG546ATAATGGG                 PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG357 TAATGGGC                PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG361  AATGGGCC               PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG391   ATGGGCCC              PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG400    TGGGCCCT             PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG387     GGGCCCTA            PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG411             AGAGGCCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG447              GAGGCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG482               AGGCCCAC  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG612                GGCCCACADREB1Aox PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
REGTAATTGGGCTTT+1759015717590168-485-474
 AtREG600TAATTGGG     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG418 AATTGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG402  ATTGGGCT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407   TTGGGCTT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG376    TGGGCTTT PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.