version
PlantPromoterDB promoter information of AT2G42220

Summary of Gene (AT2G42220)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 2  
Locus AT2G42220  TAIR      NCBI 
Gene model AT2G42220  
Description rhodanese-like domain-containing protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast thylakoid membrane, chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Rhodanese-like (InterPro:IPR001763); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: rhodanese-like domain-containing protein (TAIR:AT3G08920.1); Has 686 Blast hits to 686 proteins in 102 species: Archae - 12; Bacteria - 169; Metazoa - 1; Fungi - 0; Plants - 114; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 390 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 2: 17595755-17596954)

Genome position     
from initiation codon
AT2G42240.1         
AT2G42240.2         
AT2G42240.3         
TSS from cDNA
TSS information
AT2G42220                        5'->3' (+)
Promoter sequence

 
AT2G42230.1         
AT2G42230.2         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence














 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G42220

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA30+17592089-16

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone+17592057-48
TSS cloneCclone+17592064-41
TSS cloneCclone+17592075-30
TSS cloneCclone+17592086-19
TSS cloneAclone+17592089-16
TSS cloneCclone+17592100-5

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTACGTGGCAAT+1759198417591994-121-111
 AtREG413TACGTGGC    PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC 
 AtREG379 ACGTGGCA  ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC 
 AtREG452  CGTGGCAA  PPDB Motif  PLACE MotifGCCAC 
 AtREG654   GTGGCAAT PPDB Motif  PLACE MotifGCCAC 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakC8-17596614AT2G42230.2, AT2G42230.1
TSS peakA8-17596601AT2G42230.2, AT2G42230.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone-17596629AT2G42230.2, AT2G42230.1
TSS clone peakCclone+17596818AT2G42240.1, AT2G42240.2, AT2G42240.3
TSS clone peakAclone+17596832AT2G42240.1, AT2G42240.2, AT2G42240.3

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTTTCTCTC-1759658417596591AT2G42230.1, AT2G42230.2
Y PatchTTTCTTCTTCTT-1759664617596657AT2G42230.1, AT2G42230.2
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGGGCCTTTTTGACCC-1759672917596742AT2G42230.1, AT2G42230.2
 AtREG459GGCCTTTT       PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG592      TTTGACCC PPDB Motif  PLACE MotifTTGAC, TTGACC 
REGCTTAATGGGCCGTTTAAAGCCCATTTA-1759674917596775AT2G42230.1, AT2G42230.2
 AtREG604CTTAATGG                    PPDB Motif  PLACE MotifTTAATGG 
 AtREG396 TTAATGGG                   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTTAATGG 
 AtREG357  TAATGGGC                  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG361   AATGGGCC                 PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG380    ATGGGCCG                PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG368     TGGGCCGT               PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG377      GGGCCGTT              PPDB MotifGCCCA, AAACG(C/G)  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG613        GCCGTTTA            PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 AtREG545             TTAAAGCC       PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG365              TAAAGCCC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG376               AAAGCCCA     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378                AAGCCCAT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG372                 AGCCCATT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG386                  GCCCATTT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG443                   CCCATTTA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.