version
PlantPromoterDB promoter information of AT2G43370.1

Summary of Gene (AT2G43370.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 2  
Locus AT2G43370  TAIR      NCBI 
Gene model AT2G43370.1  
Description U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa, putative; FUNCTIONS IN: RNA binding, nucleotide binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: nucleus; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: U1-70K (U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN-70K); RNA binding / nucleic acid binding / nucleotide binding (TAIR:AT3G50670.1); Has 15940 Blast hits to 13539 proteins in 557 species: Archae - 10; Bacteria - 827; Metazoa - 9526; Fungi - 1771; Plants - 2091; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 1712 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 2: 18012431-18013630)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT2G43370.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence








 
AT2G43360.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence











 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G43370.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG8+18013419-12

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone+18013377-54
TSS cloneTclone+18013378-53
TSS cloneAclone+18013409-22

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCCGTTGGA+1801324918013256-182-175
 AtREG554CCGTTGGA PPDB MotifCCAACGG  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
REGGTGGGACC+1801327118013278-160-153
 AtREG406GTGGGACC PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
REGATAAGCCCAATT+1801331318013324-118-107
 AtREG462ATAAGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG426 TAAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407  AAGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG402   AGCCCAAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG418    GCCCAATT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTGTTGGGCTTTTT+1801332918013341-102-90
 AtREG543TGTTGGGC      PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifCAACA 
 AtREG574 GTTGGGCT     PPDB MotifGCCCA, CCAACGG  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407  TTGGGCTT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG376   TGGGCTTT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG409    GGGCTTTT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG589     GGCTTTTT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGAAACGACGACGT+1801335718013368-74-63
 AtREG415AAACGACG     PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG648 AACGACGA    PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG526    GACGACGT PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA13-18013200AT2G43360.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneCclone-18013219AT2G43360.1
TSS cloneCclone-18013166AT2G43360.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTTTCTTCTTCTTCTTCTT-1801315818013175AT2G43360.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTCCAACGG-1801324918013256AT2G43360.1
 AtREG554TCCAACGG PPDB MotifCCAACGG  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
REGGGTCCCAC-1801327118013278AT2G43360.1
 AtREG406GGTCCCAC PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
REGAATTGGGCTTAT-1801331318013324AT2G43360.1
 AtREG418AATTGGGC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG402 ATTGGGCT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407  TTGGGCTT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG426   TGGGCTTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG462    GGGCTTAT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGAAAAAGCCCAACA-1801332918013341AT2G43360.1
 AtREG589AAAAAGCC      PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG409 AAAAGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG376  AAAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407   AAGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG574    AGCCCAAC  PPDB MotifGCCCA, CCAACGG  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG543     GCCCAACA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifCAACA 
REGACGTCGTCGTTT-1801335718013368AT2G43360.1
 AtREG526ACGTCGTC     PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
 AtREG648   TCGTCGTT  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG415    CGTCGTTT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGACGACGTC-1801347518013482AT2G43360.1
 AtREG431ACGACGTC PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.