PlantPromoterDB promoter information of AT2G47060.3

Summary of Gene (AT2G47060.3)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G47060 TAIR NCBI
Gene model	AT2G47060.3
Description	serine/threonine protein kinase, putative; FUNCTIONS IN: protein serine/threonine kinase activity, protein kinase activity, kinase activity, ATP binding; INVOLVED IN: protein amino acid phosphorylation; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Protein kinase, core (InterPro:IPR000719), Serine/threonine protein kinase-related (InterPro:IPR017442), Protein kinase-like (InterPro:IPR011009), Serine/threonine protein kinase, active site (InterPro:IPR008271); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: serine/threonine protein kinase, putative (TAIR:AT3G62220.1); Has 80619 Blast hits to 79720 proteins in 3178 species: Archae - 48; Bacteria - 7478; Metazoa - 35837; Fungi - 5878; Plants - 17627; Viruses - 326; Other Eukaryotes - 13425 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 19332743-19331544)

`Genome position from initiation codon` `AT2G47050.1 TSS from cDNA TSS information AT2G47060.3 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G47060.3

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 15 - 19334971 -578

TSS peak T 4 - 19334414 -21

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	15	-	19334971	-578
TSS peak	`T`	4	-	19334414	-21

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 19334971 -578

TSS clone T clone - 19334969 -576

TSS clone A clone - 19334826 -433

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	19334971	-578
TSS clone	`T`	clone	-	19334969	-576
TSS clone	`A`	clone	-	19334826	-433

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTCAT - 19334438 19334445 -45 -52

Y Patch CTCTCTCT - 19334942 19334949 -549 -556

Y Patch TTCTTCTTC - 19334951 19334959 -558 -566

Y Patch TTTCTCTCT - 19334990 19334998 -597 -605

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTCAT`	-	19334438	19334445	-45	-52
Y Patch	`CTCTCTCT`	-	19334942	19334949	-549	-556
Y Patch	`TTCTTCTTC`	-	19334951	19334959	-558	-566
Y Patch	`TTTCTCTCT`	-	19334990	19334998	-597	-605
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ATCCAACGG - 19335068 19335076 -675 -683

AtREG586 ATCCAACG PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

AtREG554 TCCAACGG PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

REG CGTTGGAT - 19335096 19335103 -703 -710

AtREG586 CGTTGGAT PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

REG GTGGCAAT - 19335109 19335116 -716 -723

AtREG654 GTGGCAAT PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

REG CGTCATTT - 19335182 19335189 -789 -796

AtREG657 CGTCATTT PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ATCCAACGG`		-	19335068	19335076	-675	-683
	AtREG586	`ATCCAACG`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif
	AtREG554	`TCCAACGG`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
REG	`CGTTGGAT`		-	19335096	19335103	-703	-710
	AtREG586	`CGTTGGAT`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif
REG	`GTGGCAAT`		-	19335109	19335116	-716	-723
	AtREG654	`GTGGCAAT`		PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
REG	`CGTCATTT`		-	19335182	19335189	-789	-796
	AtREG657	`CGTCATTT`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 2 - 19332722 AT2G47050.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	2	-	19332722	AT2G47050.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone - 19332641 AT2G47050.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	-	19332641	AT2G47050.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None