version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G01770.1

Summary of Gene (AT3G01770.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G01770  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G01770.1  
Description Arabidopsis thaliana BROMODOMAIN AND EXTRATERMINAL DOMAIN PROTEIN 10 (ATBET10); FUNCTIONS IN: DNA binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Bromodomain (InterPro:IPR001487); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ATBET9 (Arabidopsis thaliana Bromodomain and Extraterminal Domain protein 9); DNA binding (TAIR:AT5G14270.1); Has 10636 Blast hits to 8190 proteins in 445 species: Archae - 19; Bacteria - 529; Metazoa - 5538; Fungi - 1309; Plants - 426; Viruses - 19; Other Eukaryotes - 2796 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 279386-278187)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT3G01770.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence







 
AT3G01780.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence







 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G01770.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone-278785-399
TSS cloneGclone-278782-396
TSS clone peakGclone-278780-394
TSS cloneCclone-278778-392
TSS cloneGclone-278776-390

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGATAAGCCCA-278901278909-515-523
 AtREG462ATAAGCCC  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG426 TAAGCCCA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGCATTGGGCTTTA-278914278925-528-539
 AtREG461CATTGGGC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG402 ATTGGGCT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407  TTGGGCTT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG376   TGGGCTTT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG365    GGGCTTTA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCCCAATAA-278943278950-557-564
 AtREG417CCCAATAA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCGTGCCGT-278968278975-582-589
 AtREG522CGTGCCGT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGAAGCGCGTGCCGT-278999279011-613-625
 AtREG492AAGCGCGT      PPDB MotifACGCGC  PLACE Motif 
 AtREG381 AGCGCGTG     PPDB MotifACGCGC  PLACE Motif 
 AtREG522     CGTGCCGT PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG4+279100AT3G01780.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneGclone+279060AT3G01780.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCCTTCTTCTTCC+279071279082AT3G01780.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGACGCCGTTTT+278801278810AT3G01780.1
 AtREG497ACGCCGTT   PPDB MotifAAACG(C/G), CCAACGG  PLACE Motif 
 AtREG524 CGCCGTTT  PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 AtREG531  GCCGTTTT PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
REGTACTGGGC+278813278820AT3G01780.1
 AtREG434TACTGGGC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTGGGCTTAT+278901278909AT3G01780.1
 AtREG426TGGGCTTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG462 GGGCTTAT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTAAAGCCCAATG+278914278925AT3G01780.1
 AtREG365TAAAGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG376 AAAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407  AAGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG402   AGCCCAAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG461    GCCCAATG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTTATTGGG+278943278950AT3G01780.1
 AtREG417TTATTGGG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGACGGCACG+278968278975AT3G01780.1
 AtREG522ACGGCACG PPDB Motif  PLACE Motif 
REGACGGCACGCGCTT+278999279011AT3G01780.1
 AtREG522ACGGCACG      PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG381    CACGCGCT  PPDB MotifACGCGC  PLACE Motif 
 AtREG492     ACGCGCTT PPDB MotifACGCGC  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.