version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G02468.1

Summary of Gene (AT3G02468.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G02468  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G02468.1  
Description Upstream open reading frames (uORFs) are small open reading frames found in the 5' UTR of a mature mRNA, and can potentially mediate translational regulation of the largest, or major, ORF (mORF). CPuORF9 represents a conserved upstream opening reading frame relative to major ORF AT3G02470.1  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 509265-510464)

Genome position     
from initiation codon
AT3G02470.1         
AT3G02470.3         
AT3G02470.4         
TSS from cDNA
TSS information
AT3G02468.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence

 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G02468.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA389+509087-728
TSS peakA69+509355-460

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneGclone+508886-929
TSS cloneTclone+509079-736
TSS cloneCclone+509081-734
TSS cloneTclone+509082-733
TSS cloneCclone+509083-732
TSS cloneCclone+509084-731
TSS cloneTclone+509085-730
TSS cloneAclone+509087-728
TSS cloneCclone+509088-727
TSS cloneGclone+509089-726
TSS cloneAclone+509090-725
TSS cloneAclone+509091-724

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxCTTATATAAAGG+509047509058-768-757
Y PatchCTCTTTCT+509061509068-754-747
Y PatchTTTCCTCCTC+509077509086-738-729
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGGGCTATT+508851508858-964-957
 AtREG584GGGCTATT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTTCACGCG+508981508988-834-827
 AtREG631TTCACGCGDrought PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG8+509834AT3G02470.1, AT3G02470.3, AT3G02470.4

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneGclone+510084AT3G02470.1, AT3G02470.3, AT3G02470.4
TSS cloneTclone+510191AT3G02470.1, AT3G02470.3, AT3G02470.4

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.