version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G07700

Summary of Gene (AT3G07700)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G07700  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G07700  
Description ABC1 family protein; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ABC-1 (InterPro:IPR004147), Protein kinase-like (InterPro:IPR011009); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ATATH13; transporter (TAIR:AT5G64940.2); Has 7549 Blast hits to 7505 proteins in 1104 species: Archae - 67; Bacteria - 2628; Metazoa - 384; Fungi - 314; Plants - 355; Viruses - 14; Other Eukaryotes - 3787 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 2465691-2464492)

Genome position     
from initiation codon
AT3G07710.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT3G07700                        5'->3' (-)
Promoter sequence

 
AT3G07720.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence





 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G07700

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG4-2463864-623
TSS peakA8-2463762-521

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone-2463846-605
TSS cloneGclone-2463642-401

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCCTCTCTCTCTCTC-24637912463804-550-563
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGACGACACC-24638272463834-586-593
 AtREG599ACGACACC PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG2+2465373AT3G07720.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneGclone+2465375AT3G07720.1
TSS cloneAclone+2465376AT3G07720.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTTCCCTCTCTTT+24653262465337AT3G07720.1
Y PatchTCTCCTTC+24654062465413AT3G07720.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTGCCGTTTT+24651892465197AT3G07720.1
 AtREG500TGCCGTTT  PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 AtREG531 GCCGTTTT PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.