version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G11240.1

Summary of Gene (AT3G11240.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G11240  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G11240.1  
Description Encodes an arginyl-tRNA:protein arginyltransferase (ATE2), a component of the N-end rule pathway that targets protein degradation through the identity of the amino-terminal residue of specific protein substrates. Arabidopsis contains two ATE genes: At5g05700/ATE1, At3g11240/ATE2. Another component of the N-end rule pathway is At5g02310/PROTEOLYSIS6 (PRT6). PRT6 and ATE were shown to regulate seed after-ripening, seedling sugar sensitivity, seedling lipid breakdown, and abscisic acid (ABA) sensitivity of germination.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 3522092-3520893)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT3G11240.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence










 
AT3G11250.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence







 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G11240.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA4-3521115-23

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone-3521115-23

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTTCTCTCC-35210973521104-5-12
Y PatchCTTCTTCTCCTTCTTCTTC-35211423521160-50-68
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCGTGTCGTT-35211963521204-104-112
 AtREG428CGTGTCGT ABA, DREB1Aox, Ethylene, Drought PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG527 GTGTCGTTDREB1Aox PPDB Motif  PLACE Motif 
REGACACGCGTGACGT-35212293521241-137-149
 AtREG536ACACGCGT     ABA, Drought PPDB Motif  PLACE MotifACACNNG 
 AtREG489     CGTGACGTABA, DREB1Aox PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
REGATTAGGCCCAAAT-35212523521264-160-172
 AtREG506ATTAGGCC      PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG360 TTAGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG358  TAGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356   AGGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG373    GGCCCAAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG421     GCCCAAAT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGAATTGGGCTTTAA-35212703521282-178-190
 AtREG418AATTGGGC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG402 ATTGGGCT     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407  TTGGGCTT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG376   TGGGCTTT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG365    GGGCTTTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG545     GGCTTTAA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTCTGACGG-35213033521310-211-218
 AtREG622TCTGACGG PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCTAACGGT-35213373521344-245-252
 AtREG603CTAACGGT PPDB Motif  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG13+3521407AT3G11250.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone+3521390AT3G11250.1
TSS cloneAclone+3521406AT3G11250.1
TSS cloneGclone+3521420AT3G11250.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTTCCTTC+35213703521377AT3G11250.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGAACGACACG+35211963521204AT3G11250.1
 AtREG527AACGACAC DREB1Aox PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG428 ACGACACGABA, DREB1Aox, Ethylene, Drought PPDB Motif  PLACE Motif 
REGACGTCACGCGTGT+35212293521241AT3G11250.1
 AtREG489ACGTCACG     ABA, DREB1Aox PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
 AtREG536     ACGCGTGTABA, Drought PPDB Motif  PLACE MotifACACNNG 
REGATTTGGGCCTAAT+35212523521264AT3G11250.1
 AtREG421ATTTGGGC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG373 TTTGGGCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356  TTGGGCCT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG358   TGGGCCTA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG360    GGGCCTAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG506     GGCCTAAT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTTAAAGCCCAATT+35212703521282AT3G11250.1
 AtREG545TTAAAGCC      PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG365 TAAAGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG376  AAAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407   AAGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG402    AGCCCAAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG418     GCCCAATT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCCGTCAGA+35213033521310AT3G11250.1
 AtREG622CCGTCAGA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGACCGTTAG+35213373521344AT3G11250.1
 AtREG603ACCGTTAG PPDB Motif  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.