version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G15450

Summary of Gene (AT3G15450)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G15450  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G15450  
Description unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT4G27450.1); Has 270 Blast hits to 270 proteins in 60 species: Archae - 0; Bacteria - 23; Metazoa - 2; Fungi - 2; Plants - 227; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 16 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 5215350-5216549)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT3G15450                        5'->3' (+)
Promoter sequence

 
AT3G15460.1         
AT3G15470.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence






 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G15450

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA149+5213003-47

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneCclone+5212981-69
TSS cloneAclone+5213003-47
TSS cloneTclone+5213004-46
TSS cloneAclone+5213006-44
TSS cloneCclone+5213009-41

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxCCTTTATAAAAC+52129685212979-82-71
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCGTGGCAC+52127435212750-307-300
 AtREG444CGTGGCAC PPDB Motif  PLACE MotifGCCAC 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS clone peakAclone-5216261AT3G15460.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTCTTTCT-52162645216272AT3G15460.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGCCGGCCCATTG-52163405216350AT3G15460.1
 AtREG457CCGGCCCA   CK PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG380 CGGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG361  GGCCCATT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG551   GCCCATTG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCGTGTCATTAAGGCCCATG-52163615216379AT3G15460.1
 AtREG438CGTGTCAT           ABA PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG416       TTAAGGCC     PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG351        TAAGGCCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG353         AAGGCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG354          AGGCCCAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG504           GGCCCATG PPDB MotifGCCCA, CCATGG  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.