version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G17790

Summary of Gene (AT3G17790)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G17790  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G17790  
Description PAP17; FUNCTIONS IN: phosphatase activity, protein serine/threonine phosphatase activity, acid phosphatase activity; INVOLVED IN: response to hydrogen peroxide, cellular phosphate ion homeostasis; LOCATED IN: cell surface; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Metallophosphoesterase (InterPro:IPR004843); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: PAP3 (PURPLE ACID PHOSPHATASE 3); acid phosphatase/ protein serine/threonine phosphatase (TAIR:AT1G14700.1); Has 911 Blast hits to 906 proteins in 224 species: Archae - 2; Bacteria - 200; Metazoa - 324; Fungi - 6; Plants - 95; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 284 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 6085479-6086678)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT3G17790                        5'->3' (+)
Promoter sequence

 
AT3G17770.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence








 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G17790

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA44+6089605-174

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone+6089606-173
TSS cloneTclone+6089609-170
TSS cloneAclone+6089717-62

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTCCCTCCTTCT+60895906089601-189-178
Y PatchTTCTCTTCTTCTC+60896346089646-145-133
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTTTAACCG+60895076089514-272-265
 AtREG645TTTAACCG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
REGTTTAACCG+60895456089552-234-227
 AtREG645TTTAACCG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS clone peakAclone-6086131AT3G17770.1
TSS clone peakCclone-6086029AT3G17770.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTTCTCCTCTT-60860126086023AT3G17770.1
Y PatchTTTCTCTCT-60860506086058AT3G17770.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGAATTGGGCCTGGCCCATAT-60861816086199AT3G17770.1
 AtREG418AATTGGGC            PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG352 ATTGGGCC           PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356  TTGGGCCT          PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG370   TGGGCCTG         PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG619    GGGCCTGG        PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG490         TGGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG364          GGCCCATA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG432           GCCCATAT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTCACGTGTT-60862936086301AT3G17770.1
 AtREG628TCACGTGT DREB1Aox PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG 
 AtREG590 CACGTGTTABA, JA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG 
REGGACGACGT-60863096086316AT3G17770.1
 AtREG526GACGACGT PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
REGAGCGCGTGGCAC-60863196086330AT3G17770.1
 AtREG381AGCGCGTG     PPDB MotifACGCGC  PLACE Motif 
 AtREG444    CGTGGCAC PPDB Motif  PLACE MotifGCCAC 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.