PlantPromoterDB promoter information of AT3G47500

Summary of Gene (AT3G47500)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G47500 TAIR NCBI
Gene model	AT3G47500
Description	Dof-type zinc finger domain-containing protein, identical to H-protein promoter binding factor-2a GI:3386546 from (Arabidopsis thaliana). Interacts with LKP2 and FKF1, but its overexpression does not change flowering time under short or long day conditions.

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 17506964-17505765)

`Genome position from initiation codon` `AT3G47500.1 TSS from cDNA TSS information AT3G47500 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G47500

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 15 - 17506057 -93

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	15	-	17506057	-93

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 17506053 -89

TSS clone A clone - 17506049 -85

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	17506053	-89
TSS clone	`A`	clone	-	17506049	-85

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTCTTCTT - 17506026 17506036 -62 -72

Y Patch TTTCCTCCTTCTCTT - 17506088 17506102 -124 -138

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTCTTCTT`	-	17506026	17506036	-62	-72
Y Patch	`TTTCCTCCTTCTCTT`	-	17506088	17506102	-124	-138
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GCTGACGTGT - 17506102 17506111 -138 -147

AtREG515 GCTGACGT   SA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG440 CTGACGTG ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG517   TGACGTGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG AACCCGACAACCCGACCCGGT - 17506177 17506197 -213 -233

AtREG580 AACCCGACAACCCGAC      PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG405          ACCCGACC     PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG442           CCCGACCC    PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG375            CCGACCCG   PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG494             CGACCCGG PPDB Motif PLACE Motif

AtREG463              GACCCGGT PPDB Motif AACCG(G/A), GGGACCC PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GCTGACGTGT`		-	17506102	17506111	-138	-147
	AtREG515	`GCTGACGT`	SA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
	AtREG440	`CTGACGTG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG517	`TGACGTGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
REG	`AACCCGACAACCCGACCCGGT`		-	17506177	17506197	-213	-233
	AtREG580	`AACCCGACAACCCGAC`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG405	`ACCCGACC`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG442	`CCCGACCC`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG375	`CCGACCCG`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG494	`CGACCCGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG463	`GACCCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A), GGGACCC`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None