PlantPromoterDB promoter information of AT3G52930

Summary of Gene (AT3G52930)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G52930 TAIR NCBI
Gene model	AT3G52930
Description	fructose-bisphosphate aldolase, putative; FUNCTIONS IN: fructose-bisphosphate aldolase activity, catalytic activity; INVOLVED IN: response to cadmium ion, response to salt stress, pentose-phosphate shunt; LOCATED IN: in 7 components; EXPRESSED IN: 29 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aldolase-type TIM barrel (InterPro:IPR013785), Fructose-bisphosphate aldolase, class-I (InterPro:IPR000741); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: fructose-bisphosphate aldolase, putative (TAIR:AT2G36460.1); Has 4403 Blast hits to 4398 proteins in 740 species: Archae - 0; Bacteria - 427; Metazoa - 1257; Fungi - 2; Plants - 339; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2378 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 19628324-19627125)

`Genome position from initiation codon` `AT3G52930.1 TSS from cDNA TSS information AT3G52930 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G52930

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 387 - 19628939 -65

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	387	-	19628939	-65

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 19629073 -199

TSS clone A clone - 19628942 -68

TSS clone C clone - 19628941 -67

TSS clone A clone - 19628939 -65

TSS clone C clone - 19628938 -64

TSS clone T clone - 19628934 -60

TSS clone G clone - 19628931 -57

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	19629073	-199
TSS clone	`A`	clone	-	19628942	-68
TSS clone	`C`	clone	-	19628941	-67
TSS clone	`A`	clone	-	19628939	-65
TSS clone	`C`	clone	-	19628938	-64
TSS clone	`T`	clone	-	19628934	-60
TSS clone	`G`	clone	-	19628931	-57

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box GCTATAAAAC - 19628966 19628975 -92 -101

Y Patch TTTCTCTCT - 19628900 19628908 -26 -34

Y Patch CCTTCTTCC - 19628922 19628930 -48 -56

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`GCTATAAAAC`	-	19628966	19628975	-92	-101
Y Patch	`TTTCTCTCT`	-	19628900	19628908	-26	-34
Y Patch	`CCTTCTTCC`	-	19628922	19628930	-48	-56
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ATCCAACGG - 19629058 19629066 -184 -192

AtREG586 ATCCAACG PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

AtREG554 TCCAACGG PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

REG TAAGGGGT - 19629100 19629107 -226 -233

AtREG636 TAAGGGGT PPDB Motif ACCCCT PLACE Motif

REG TTACCCCT - 19629136 19629143 -262 -269

AtREG642 TTACCCCT PPDB Motif ACCCCT PLACE Motif

REG GTAAGGCC - 19629185 19629192 -311 -318

AtREG530 GTAAGGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG TCTGACGGTTTGGGCCGT - 19629194 19629211 -320 -337

AtREG622 TCTGACGG           PPDB Motif PLACE Motif

AtREG625 CTGACGGT          PPDB Motif PLACE Motif

AtREG550      CGGTTTGG      PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG474        GTTTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG373         TTTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG414          TTGGGCCG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG368           TGGGCCGT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ATCCAACGG`		-	19629058	19629066	-184	-192
	AtREG586	`ATCCAACG`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif
	AtREG554	`TCCAACGG`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
REG	`TAAGGGGT`		-	19629100	19629107	-226	-233
	AtREG636	`TAAGGGGT`		PPDB Motif	`ACCCCT`	PLACE Motif
REG	`TTACCCCT`		-	19629136	19629143	-262	-269
	AtREG642	`TTACCCCT`		PPDB Motif	`ACCCCT`	PLACE Motif
REG	`GTAAGGCC`		-	19629185	19629192	-311	-318
	AtREG530	`GTAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TCTGACGGTTTGGGCCGT`		-	19629194	19629211	-320	-337
	AtREG622	`TCTGACGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG625	`CTGACGGT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG550	`CGGTTTGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG474	`GTTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG373	`TTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG414	`TTGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG368	`TGGGCCGT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None