version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G53668.1

Summary of Gene (AT3G53668.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G53668  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G53668.1  
Description Upstream open reading frames (uORFs) are small open reading frames found in the 5' UTR of a mature mRNA, and can potentially mediate translational regulation of the largest, or major, ORF (mORF). CPuORF51 represents a conserved upstream opening reading frame relative to major ORF AT3G53670.1  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 19889708-19890907)

Genome position     
from initiation codon
AT3G53650.1         
AT3G53670.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT3G53668.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence





 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G53668.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA4+19890470-238

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone+19890421-287

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxAATATAAAAA+1989042619890435-282-273
Y PatchCGTCTTCTCTC+1989045419890464-254-244
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGACTGGGCCTATT+1989024619890257-462-451
 AtREG384ACTGGGCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG410 CTGGGCCT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG358  TGGGCCTA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG362   GGGCCTAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG424    GGCCTATT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGAGACACGTGTA+1989034119890351-367-357
 AtREG470AGACACGT   ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC 
 AtREG366 GACACGTG  ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC 
 AtREG453   CACGTGTAABA, DREB1Aox PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACACNNG 
REGGCCACGTC+1989037919890386-329-322
 AtREG388GCCACGTC PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.