version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G53740.3

Summary of Gene (AT3G53740.3)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G53740  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G53740.3  
Description 60S ribosomal protein L36 (RPL36B); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: cytosolic ribosome, cytosolic large ribosomal subunit, ribosome, plasma membrane, membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L36e (InterPro:IPR000509); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 60S ribosomal protein L36 (RPL36A) (TAIR:AT2G37600.2); Has 586 Blast hits to 586 proteins in 196 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 295; Fungi - 95; Plants - 95; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 101 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 19915813-19914614)

Genome position     
from initiation codon
AT3G53740.1         
AT3G53740.2         
AT3G53740.4         
TSS from cDNA
TSS information
AT3G53740.3                      5'->3' (-)
Promoter sequence













 
AT3G53750.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence













 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G53740.3

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG8-19914992-179
TSS peakG8-19914977-164

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneGclone-19914992-179
TSS cloneTclone-19914991-178
TSS cloneCclone-19914989-176
TSS cloneTclone-19914988-175
TSS cloneTclone-19914980-167

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxGTATATATACA-1991501419915024-201-211
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGATAAGGCCCAATAAAAGCCCAAAC-1991505519915078-242-265
 AtREG425ATAAGGCC                 PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG351 TAAGGCCC                PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG353  AAGGCCCA               PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356   AGGCCCAA              PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG352    GGCCCAAT             PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG355     GCCCAATA            PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG417      CCCAATAA           PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG549           TAAAAGCC      PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG409            AAAAGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG376             AAAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407              AAGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG469               AGCCCAAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG474                GCCCAAAC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCGGTTAAG-1991516419915171-351-358
 AtREG605CGGTTAAG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
REGAAATGACG-1991521719915224-404-411
 AtREG657AAATGACG PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA8+19915321AT3G53750.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone+19915318AT3G53750.1
TSS cloneTclone+19915322AT3G53750.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTCCTTC+1991535419915361AT3G53750.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGGTTTGGGCTTTTATTGGGCCTTAT+1991505519915078AT3G53750.1
 AtREG474GTTTGGGC                 PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG469 TTTGGGCT                PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407  TTGGGCTT               PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG376   TGGGCTTT              PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG409    GGGCTTTT             PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG549     GGCTTTTA            PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG417          TTATTGGG       PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG355           TATTGGGC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG352            ATTGGGCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356             TTGGGCCT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG353              TGGGCCTT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG351               GGGCCTTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG425                GGCCTTAT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGCTTAACCG+1991516419915171AT3G53750.1
 AtREG605CTTAACCG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
REGCGTCATTT+1991521719915224AT3G53750.1
 AtREG657CGTCATTT PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.