version
PlantPromoterDB promoter information of AT4G02220.1

Summary of Gene (AT4G02220.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 4  
Locus AT4G02220  TAIR      NCBI 
Gene model AT4G02220.1  
Description zinc finger (MYND type) family protein / programmed cell death 2 C-terminal domain-containing protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; LOCATED IN: cytoplasm; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Programmed cell death protein 2, C-terminal (InterPro:IPR007320), Zinc finger, MYND-type (InterPro:IPR002893); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: programmed cell death 2 C-terminal domain-containing protein (TAIR:AT5G64830.1); Has 702 Blast hits to 666 proteins in 150 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 368; Fungi - 111; Plants - 110; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 113 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 4: 975728-976927)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT4G02220.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence







 
AT4G02210.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence







 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G02220.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG4+976295-433

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone+976307-421
TSS cloneGclone+976351-377

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTTATGGGCTTAT+976196976207-532-521
 AtREG394TTATGGGC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG477 TATGGGCT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378  ATGGGCTT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG426   TGGGCTTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG462    GGGCTTAT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTTATTGGGCTTAG+976214976226-514-502
 AtREG417TTATTGGG      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG355 TATTGGGC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG402  ATTGGGCT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407   TTGGGCTT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG426    TGGGCTTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG634     GGGCTTAG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTATAGGCCTAT+976232976242-496-486
 AtREG487TATAGGCC    PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG649 ATAGGCCTAT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTAAACGACA+976245976253-483-475
 AtREG565TAAACGAC  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG569 AAACGACA PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS clone peakAclone-976129AT4G02210.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGATAAGCCCATAA-976196976207AT4G02210.1
 AtREG462ATAAGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG426 TAAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378  AAGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG477   AGCCCATA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG394    GCCCATAA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCTAAGCCCAATAA-976214976226AT4G02210.1
 AtREG634CTAAGCCC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG426 TAAGCCCA     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407  AAGCCCAA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG402   AGCCCAAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG355    GCCCAATA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG417     CCCAATAA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGATAGGCCTATA-976232976242AT4G02210.1
 AtREG649ATAGGCCTAT  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG487   GGCCTATA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCGATGTCGTTTA-976245976256AT4G02210.1
 AtREG630CGATGTCG     PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG569   TGTCGTTT  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG565    GTCGTTTA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGACCCTAGA-976262976269AT4G02210.1
 AtREG658ACCCTAGA PPDB MotifACCCT  PLACE Motif 
REGTGGCCCAAAA-976274976283AT4G02210.1
 AtREG420TGGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG373 GGCCCAAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG529  GCCCAAAA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGCCTTTAA-976397976404AT4G02210.1
 AtREG639GCCTTTAA PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.