PlantPromoterDB promoter information of AT4G05390

Summary of Gene (AT4G05390)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G05390 TAIR NCBI
Gene model	AT4G05390
Description	Encodes a root-type ferredoxin:NADP(H) oxidoreductase.

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 2741483-2740284)

`Genome position from initiation codon` `AT4G05390.1 TSS from cDNA TSS information AT4G05390 5'->3' (-) Promoter sequence AT4G05400.1 AT4G05400.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G05390

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 2740564 -81

TSS clone peak A clone - 2740562 -79

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	2740564	-81
TSS clone peak	`A`	clone	-	2740562	-79

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 2 + 2741200 AT4G05400.1, AT4G05400.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	2	+	2741200	AT4G05400.1, AT4G05400.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone + 2741161 AT4G05400.1, AT4G05400.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	+	2741161	AT4G05400.1, AT4G05400.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCTTCTTCC + 2741161 2741170 AT4G05400.1, AT4G05400.2

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCTTCTTCC`	+	2741161	2741170	AT4G05400.1, AT4G05400.2
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AAACCGAACCA + 2741033 2741043 AT4G05400.1, AT4G05400.2

AtREG568 AAACCGAA    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG556 AACCGAAC   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG451   ACCGAACC PPDB Motif PLACE Motif

AtREG655    CCGAACCA PPDB Motif PLACE Motif

REG TCGGTTTAA + 2741083 2741091 AT4G05400.1, AT4G05400.2

AtREG514 TCGGTTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG473 CGGTTTAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG AAAACGACGTCGTT + 2741138 2741151 AT4G05400.1, AT4G05400.2

AtREG520 AAAACGAC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG415 AAACGACG      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG493   AACGACGTCGTT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG431    ACGACGTCGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT