version
PlantPromoterDB promoter information of AT4G05410

Summary of Gene (AT4G05410)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 4  
Locus AT4G05410  TAIR      NCBI 
Gene model AT4G05410  
Description transducin family protein / WD-40 repeat family protein; FUNCTIONS IN: nucleotide binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: mitochondrial fission; LOCATED IN: nucleolus, small nucleolar ribonucleoprotein complex, anaphase-promoting complex, CUL4 RING ubiquitin ligase complex; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: WD40 repeat-like (InterPro:IPR011046), WD40 repeat, region (InterPro:IPR017986), WD40/YVTN repeat-like (InterPro:IPR015943), WD40 repeat (InterPro:IPR001680); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: EMB2271 (EMBRYO DEFECTIVE 2271); nucleotide binding (TAIR:AT4G21130.1); Has 36165 Blast hits to 19140 proteins in 585 species: Archae - 40; Bacteria - 4252; Metazoa - 16125; Fungi - 6813; Plants - 3147; Viruses - 96; Other Eukaryotes - 5692 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 4: 2746521-2745322)

Genome position     
from initiation codon
AT4G05410.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT4G05410                        5'->3' (-)
Promoter sequence






 
AT4G05420.1         
AT4G05420.2         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence






 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G05410

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakAclone-2745627-106
TSS clone peakAclone-2745626-105

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTTCTTCC-27456052745612-84-91
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGAACCCGGT-27456932745700-172-179
 AtREG516AACCCGGT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGATGGGCTTG-27457142745722-193-201
 AtREG378ATGGGCTT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG525 TGGGCTTG PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGTTAATGGGCTCA-27457432745754-222-233
 AtREG396TTAATGGG     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTTAATGG 
 AtREG357 TAATGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG372  AATGGGCT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG485    TGGGCTCA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGTTAAAGGCCCAAG-27457802745792-259-271
 AtREG639TTAAAGGC      PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 AtREG467 TAAAGGCC     PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG359  AAAGGCCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG353   AAGGCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356    AGGCCCAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG505     GGCCCAAG PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
REGGTCCGGTTA-27458102745818-289-297
 AtREG573GTCCGGTT  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG621 TCCGGTTA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
REGTTCGGTTTAC-27458842745893-363-372
 AtREG568TTCGGTTT   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG514 TCGGTTTA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG519  CGGTTTAC PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG5+2746138AT4G05420.1, AT4G05420.2
TSS peakG2+2746284AT4G05420.1, AT4G05420.2

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneGclone+2746122AT4G05420.1, AT4G05420.2
TSS cloneAclone+2746166AT4G05420.1, AT4G05420.2
TSS cloneTclone+2746167AT4G05420.1, AT4G05420.2
TSS cloneGclone+2746236AT4G05420.1, AT4G05420.2

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTTTCTTCTTCCT+27461242746136AT4G05420.1, AT4G05420.2
Y PatchTTCTCTCTCT+27461672746176AT4G05420.1, AT4G05420.2
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGGTAAACCGAA+27458842745893AT4G05420.1, AT4G05420.2
 AtREG519GTAAACCG   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG514 TAAACCGA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG568  AAACCGAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTTCCGGTTTAA+27459852745995AT4G05420.1, AT4G05420.2
 AtREG534TTCCGGTT    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG521 TCCGGTTT   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG412  CCGGTTTA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG473   CGGTTTAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGGTTCGGTTTAG+27460092746019AT4G05420.1, AT4G05420.2
 AtREG556GTTCGGTT    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG568 TTCGGTTT   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG514  TCGGTTTA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG511   CGGTTTAG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGACCGAACCGGAC+27460532746064AT4G05420.1, AT4G05420.2
 AtREG451ACCGAACC     PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG456 CCGAACCG    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG423  CGAACCGG   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG579   GAACCGGA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG573    AACCGGAC PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.