PlantPromoterDB promoter information of AT4G12720.1

Summary of Gene (AT4G12720.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G12720 TAIR NCBI
Gene model	AT4G12720.1
Description	Encodes a protein with ADP-ribose hydrolase activity. Negatively regulates EDS1-conditioned plant defense and programmed cell death.

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 7486716-7487915)

`Genome position from initiation codon` `AT4G12720.2 AT4G12720.3 TSS from cDNA TSS information AT4G12720.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT4G12710.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G12720.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 + 7487354 -362

TSS peak A 17 + 7487567 -149

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	+	7487354	-362
TSS peak	`A`	17	+	7487567	-149

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 7487476 -240

TSS clone A clone + 7487567 -149

TSS clone A clone + 7487568 -148

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	7487476	-240
TSS clone	`A`	clone	+	7487567	-149
TSS clone	`A`	clone	+	7487568	-148

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TGTATAAA + 7487532 7487539 -184 -177

Y Patch CTTCTTCT + 7487336 7487343 -380 -373

Y Patch CCTTCTCT + 7487525 7487532 -191 -184

Y Patch TTCTCTCC + 7487574 7487581 -142 -135

Y Patch TCTCCTTC + 7487604 7487611 -112 -105

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TGTATAAA`	+	7487532	7487539	-184	-177
Y Patch	`CTTCTTCT`	+	7487336	7487343	-380	-373
Y Patch	`CCTTCTCT`	+	7487525	7487532	-191	-184
Y Patch	`TTCTCTCC`	+	7487574	7487581	-142	-135
Y Patch	`TCTCCTTC`	+	7487604	7487611	-112	-105
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGGTTAAA + 7487141 7487148 -575 -568

AtREG645 CGGTTAAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

REG TAAACGAC + 7487238 7487245 -478 -471

AtREG565 TAAACGAC PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGGTTAAA`		+	7487141	7487148	-575	-568
	AtREG645	`CGGTTAAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
REG	`TAAACGAC`		+	7487238	7487245	-478	-471
	AtREG565	`TAAACGAC`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 4 - 7486777 AT4G12710.1

TSS peak A 4 - 7486773 AT4G12710.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	4	-	7486777	AT4G12710.1
TSS peak	`A`	4	-	7486773	AT4G12710.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone - 7486801 AT4G12710.1

TSS clone A clone - 7486783 AT4G12710.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	-	7486801	AT4G12710.1
TSS clone	`A`	clone	-	7486783	AT4G12710.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG ATATGGGCT - 7486856 7486864 AT4G12710.1

AtREG432 ATATGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG477 TATGGGCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY