version
PlantPromoterDB promoter information of AT4G14270

Summary of Gene (AT4G14270)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 4  
Locus AT4G14270  TAIR      NCBI 
Gene model AT4G14270  
Description Protein containing PAM2 motif which mediates interaction with the PABC domain of polyadenyl binding proteins.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 4: 8217517-8218716)

Genome position     
from initiation codon
AT4G14270.1         
AT4G14270.2         
TSS from cDNA
TSS information
AT4G14270                        5'->3' (+)
Promoter sequence











 
AT4G14260.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G14270

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG26+8218385-132

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneGclone+8218378-139
TSS cloneAclone+8218379-138
TSS cloneAclone+8218381-136
TSS cloneCclone+8218386-131

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTCTTCTT+82183418218349-176-168
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCTTAATGGGCTTATGGGCTTC+82180918218111-426-406
 AtREG604CTTAATGG              PPDB Motif  PLACE MotifTTAATGG 
 AtREG396 TTAATGGG             PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTTAATGG 
 AtREG357  TAATGGGC            PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG372   AATGGGCT           PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378    ATGGGCTTATGGGCTT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG426     TGGGCTTA         PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG462      GGGCTTAT        PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG394          TTATGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG477           TATGGGCT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG476             TGGGCTTC PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGCCCAATTA+82182278218234-290-283
 AtREG600CCCAATTA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGACCGTCAGA+82182498218257-268-260
 AtREG625ACCGTCAG  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG622 CCGTCAGA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGGCCCTTAT+82182628218269-255-248
 AtREG616GCCCTTAT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGACCGTCAGA+82182788218286-239-231
 AtREG625ACCGTCAG  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG622 CCGTCAGA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTCACACGTGGC+82183028218312-215-205
 AtREG588TCACACGT   ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
 AtREG460 CACACGTG  ABA, DREB1Aox PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG 
 AtREG382  ACACGTGG ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG 
 AtREG367   CACGTGGCABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC 
REGATAACCGGAT+82183298218338-188-179
 AtREG548ATAACCGG   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
 AtREG621 TAACCGGA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
 AtREG561  AACCGGAT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.