version
PlantPromoterDB promoter information of AT4G15840.1

Summary of Gene (AT4G15840.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 4  
Locus AT4G15840  TAIR      NCBI 
Gene model AT4G15840.1  
Description protein binding; FUNCTIONS IN: protein binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: BTB/POZ (InterPro:IPR013069), BTB/POZ fold (InterPro:IPR011333), Kelch related (InterPro:IPR013089), BTB/POZ-like (InterPro:IPR000210); Has 305 Blast hits to 303 proteins in 60 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 265; Fungi - 12; Plants - 22; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 6 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 4: 8995963-8997162)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT4G15840.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence







 
AT4G15830.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence








 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G15840.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA4+8996905-58

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone+8996912-51

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGACCGTTG+89966988996705-265-258
 AtREG553GACCGTTGAuxin PPDB MotifCCAACGG  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
REGTCCAACGGTC+89967198996728-244-235
 AtREG554TCCAACGG   PPDB MotifCCAACGG  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
 AtREG553  CAACGGTCAuxin PPDB MotifCCAACGG  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
REGTCGGTTCGGTTTAC+89967368996749-227-214
 AtREG575TCGGTTCG       PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG456 CGGTTCGG      PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG451  GGTTCGGT     PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG556   GTTCGGTT    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG568    TTCGGTTT   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG514     TCGGTTTA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG519      CGGTTTAC PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGACGACGTCGTTTC+89967908996802-173-161
 AtREG431ACGACGTCGT    PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
 AtREG493   ACGTCGTT   PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
 AtREG415    CGTCGTTT  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG576     GTCGTTTC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGGAAACGACA+89968148996822-149-141
 AtREG576GAAACGAC  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG569 AAACGACA PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA5-8996549AT4G15830.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTCTCTCTTTCTCT-89965578996571AT4G15830.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGCAACGGTC-89966988996705AT4G15830.1
 AtREG553CAACGGTCAuxin PPDB MotifCCAACGG  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
REGGACCGTTGGA-89967198996728AT4G15830.1
 AtREG553GACCGTTG  Auxin PPDB MotifCCAACGG  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
 AtREG554  CCGTTGGA PPDB MotifCCAACGG  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
REGGTAAACCGAACCGA-89967368996749AT4G15830.1
 AtREG519GTAAACCG       PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG514 TAAACCGA      PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG568  AAACCGAA     PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG556   AACCGAAC    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG451    ACCGAACC   PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG456     CCGAACCG  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG575      CGAACCGA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGGAAACGACGTCGT-89967908996802AT4G15830.1
 AtREG576GAAACGAC      PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG415 AAACGACG     PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG493  AACGACGT    PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
 AtREG431   ACGACGTCGT PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
REGTGTCGTTTC-89968148996822AT4G15830.1
 AtREG569TGTCGTTT  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG576 GTCGTTTC PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.