version
PlantPromoterDB promoter information of AT4G25140.1

Summary of Gene (AT4G25140.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 4  
Locus AT4G25140  TAIR      NCBI 
Gene model AT4G25140.1  
Description Encodes oleosin1, a protein found in oil bodies, involved in seed lipid accumulation. Suppression of OLEO1 (and OLEO2) resulted in an aberrant phenotype of embryo cells that contain unusually large oilbodies that are not normally observed in seeds. Changes in the size of oilbodies caused disruption of storage organelles, altering accumulation of lipids and proteins and causing delay in germination. Functions in freezing tolerance of seeds.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 4: 12899498-12900697)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT4G25140.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence




 
AT4G25130.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence




 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G25140.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone+12900415-83
TSS cloneTclone+12900421-77
TSS cloneAclone+12900425-73
TSS cloneAclone+12900426-72
TSS cloneAclone+12900428-70
TSS cloneAclone+12900430-68
TSS cloneTclone+12900431-67
TSS clone peakAclone+12900458-40
TSS cloneTclone+12900459-39
TSS cloneTclone+12900471-27
TSS cloneTclone+12900481-17

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTCTCAT+1290045212900459-46-39
Y PatchTTCTCTCT+1290047112900478-27-20
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTGTGGGCCGTA+1290015012900160-348-338
 AtREG612TGTGGGCC   DREB1Aox PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG368  TGGGCCGT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG499   GGGCCGTA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
REGAAGGCCCAAAC+1290017712900187-321-311
 AtREG353AAGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356 AGGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG373  GGCCCAAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG474   GCCCAAAC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGAGCCCAAA+1290019812900206-300-292
 AtREG533GAGCCCAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG469 AGCCCAAA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGGCGTTTTA+1290021712900224-281-274
 AtREG564GCGTTTTA PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
REGTCGGTTCG+1290022912900236-269-262
 AtREG575TCGGTTCG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGACGTGTCT+1290027312900280-225-218
 AtREG470ACGTGTCTABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC 
REGAACACGTGGC+1290033312900342-165-156
 AtREG590AACACGTG  ABA, JA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG 
 AtREG382 ACACGTGG ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG 
 AtREG367  CACGTGGCABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC 
REGTGACACGTGAC+1290036612900376-132-122
 AtREG389TGACACGT   ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC 
 AtREG366 GACACGTG  ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC 
 AtREG628  ACACGTGA DREB1Aox PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG 
 AtREG583   CACGTGAC PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA26-12900025AT4G25130.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneGclone-12900030AT4G25130.1
TSS cloneAclone-12900023AT4G25130.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCGTCTCTC-1289997712899984AT4G25130.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTACGGCCCACA-1290015012900160AT4G25130.1
 AtREG499TACGGCCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG368 ACGGCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG612   GGCCCACADREB1Aox PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
REGGTTTGGGCCTT-1290017712900187AT4G25130.1
 AtREG474GTTTGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG373 TTTGGGCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356  TTGGGCCT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG353   TGGGCCTT PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
REGTTTGGGCTC-1290019812900206AT4G25130.1
 AtREG469TTTGGGCT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG533 TTGGGCTC PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGTAAAACGC-1290021712900224AT4G25130.1
 AtREG564TAAAACGC PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
REGCGAACCGA-1290022912900236AT4G25130.1
 AtREG575CGAACCGA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGAGACACGT-1290027312900280AT4G25130.1
 AtREG470AGACACGTABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.