PlantPromoterDB promoter information of AT4G26230

Summary of Gene (AT4G26230)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	4
Locus	AT4G26230 TAIR NCBI
Gene model	AT4G26230
Description	60S ribosomal protein L31 (RPL31B); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation, ribosome biogenesis; LOCATED IN: cytosolic large ribosomal subunit, ribosome; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L31e (InterPro:IPR000054); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 60S ribosomal protein L31 (RPL31C) (TAIR:AT5G56710.1); Has 865 Blast hits to 865 proteins in 270 species: Archae - 110; Bacteria - 2; Metazoa - 389; Fungi - 91; Plants - 124; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 149 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 13283426-13284625)

`Genome position from initiation codon` `AT4G26220.1 TSS from cDNA TSS information AT4G26230 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT4G26230

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 + 13285838 -188

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	+	13285838	-188

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone + 13285828 -198

TSS clone C clone + 13285831 -195

TSS clone G clone + 13285854 -172

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	+	13285828	-198
TSS clone	`C`	clone	+	13285831	-195
TSS clone	`G`	clone	+	13285854	-172

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box ATATAAGC + 13285811 13285818 -215 -208

Y Patch TCTTCTTCTT + 13285789 13285798 -237 -228

Y Patch TCCTTCTC + 13285823 13285830 -203 -196

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`ATATAAGC`	+	13285811	13285818	-215	-208
Y Patch	`TCTTCTTCTT`	+	13285789	13285798	-237	-228
Y Patch	`TCCTTCTC`	+	13285823	13285830	-203	-196
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ATCCAACG + 13285601 13285608 -425 -418

AtREG586 ATCCAACG PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

REG AGTTGGGCCATA + 13285727 13285738 -299 -288

AtREG607 AGTTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG449 GTTGGGCC    PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG420   TTGGGCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG437    TGGGCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG479     GGGCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG AAAGGCCCATAA + 13285760 13285771 -266 -255

AtREG359 AAAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353 AAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   AGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG364    GGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG394     GCCCATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ATCCAACG`		+	13285601	13285608	-425	-418
	AtREG586	`ATCCAACG`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif
REG	`AGTTGGGCCATA`		+	13285727	13285738	-299	-288
	AtREG607	`AGTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG449	`GTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG420	`TTGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG437	`TGGGCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG479	`GGGCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`AAAGGCCCATAA`		+	13285760	13285771	-266	-255
	AtREG359	`AAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG353	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG364	`GGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG394	`GCCCATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak A clone + 13283576 AT4G26220.1

TSS clone peak G clone + 13283577 AT4G26220.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	13283576	AT4G26220.1
TSS clone peak	`G`	clone	+	13283577	AT4G26220.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TCCTATAT + 13283541 13283548 AT4G26220.1

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TCCTATAT`	+	13283541	13283548	AT4G26220.1
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG ATAAACCGT + 13283486 13283494 AT4G26220.1

AtREG598 ATAAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG652 TAAACCGT PPDB Motif PLACE Motif